Ver.2

Ver.1のボリュームアップされたバージョン。正式名は『PHANTASY STAR ONLINE Ver2』
Ver.1の内容をすべて網羅し新要素を追加した。主な新要素・変更点は以下のとおり

• キャラクターLvが200までに
• フォース限定でLv30までのテクニックが使用可能
• 準レア武器がスペシャルウェポンでなくなる
• Ultimateモードの追加。さらに、Ultではアンドロイド限定でトラップを使用可能
• 新アイテムの追加(Ver.2からの新アイテムは名前がオレンジ色である。)
• バトルモード、チャレンジモードの追加。それに伴いS武器の追加(名前は赤色)
• ロビー12～15において、GOGOボールをプレイ可能

Ver.1とはほとんどの状況で一緒に冒険することはできる。しかし、新クエストやUltimateモード、バトル、チャレンジなどはできない。
また、Ver.1にVer.2武器を渡そうとするとその基本武器最下位のものに変換される。Lv15以上のテクニックにおいては-15された値になる。

最初のバージョンアップとして大いに期待されたが、アルティメットのバランス調整があまりに極端すぎて評判は悪かった。

いかなるVer1レア武器もほぼ通用しないため、Ver2レア武器を探さないとならないのだが、
レアアイテムのドロップ率が極端に低くなり、ほとんどのアイテムが今でいうSSランクレア並の為、ほぼ入手不可レベル。

それでも一部、出やすいアイテムはあって、それが赤のセイバー、アンシエントセイバー、インペリアルピック、赤のハンドガン。
とどのつまり、これらの武器「だけ」を使って何もドロップしない各エリアを探索する、そういうゲームになってしまった。

職業間バランスも劣悪で、ピックの持てるハンターが一強、赤のハンドガンしか使えないレンジャーはほぼ単発攻撃オンリー、
フォースは補助したら役目終わりである。

この状況に、チーター達が「何も出ない調整をする方が悪い」と自己正当化し始め、レアアイテムを不正に作っては配布するなど、
オンラインプレイのモラルは末期的になっていった。

一方、新たに実装されたチャレンジは極めて好評だった。敵の出現数、アイテムドロップなどランダム要素が絡むため、
挑戦のたびに異なる展開。回復テクニック、初期装備など、様々な制限がありながらも、メンバー各々が努力すれば十分にクリア可能な絶妙な難易度。
プレイヤーのアドリブ力、地力が試される、遊びごたえのあるモードであった。

このため、通常冒険を忘れ、こちらに没頭し続けるチャレンジャーとなる人々も少なくなかった。