ストーリー - Resistance 3 @ wiki

アメリカはキメラに完全に敗北した。
時代は前作から4年後の、1957年。キメラが地球を制圧し、90%の人類は死滅した。残った人類は、キメラに隠れながら暮らし、人食になってしまった。ブラックエデン作戦の後、カペリは軍を不名誉除隊し、僻地で隠れながら住んでいたが、オクラホマ州、ハベンでスーザン・フェアリーと結婚し、ジャックという息子をもうける。
しかし、1957年8月9日、マリコブ博士が突然カペリの前に現れ、元センチネルである彼に最後の頼みをしにやって来た。それは、1953年6月23日(カペリ達によって壊滅させれたキメラ艦隊)の後にニューヨークに現れたワームホールを破壊してくれというものだった。突然そこへ、キメラの襲撃部隊が現れ、ハベンを攻撃し始め、カペリと他の住人は応戦し、戦闘終了後、カペリはニューヨークへマリコブ博士と一緒に行くことを決意する。　　　　　　　　　　　　　　　＊オクラホマ州ヘイブン（バクスタースプリングス）
人類がキメラに敗北してから4年。政府や軍隊なぞとうに存在せず、産業文明すらも崩壊し、地上ではキメラが新たな文明や生態系を築いていき、同時に生き残った人間を排除していった。生き残った人々は地下等でひっそりと暮らし、自給自足の生活が始まった。カペリ一家のすむヘイブンも、畑による食料自給などで家々の地下壕をつなげて作った共同住宅だった。地上は荒れ果て、ヘイブン郊外には放置された農家や畑、中心地には壊れかけた建物、それに突き刺さった役目を終えたスピアミサイルが人気のない秋風に吹かれていた・・・　　　　地下の居住区では人々がいつも通りの質素な生活を送っていた。カペリはその日デールに修理にだした自分のブルズアイを受け取り、射撃場で一度は手を引いた戦いに備えていた。しかし、その頭上を人間駆除のためのキメラ掃討部隊が通りかかる。奴らをそのまま行かせようとするも失敗。さらにヘイブン破壊のためキメラの最新戦艦「テラフォーマー」、「ゴリアテ」の部隊もやって来る。カペリやその他戦える男らが女子供を逃がすために再び戦いに身を投じた。