COMPACT2からの変更点 - スーパーロボット大戦COMPACT３ 完全データベース

精神コマンドの変更

魂・補給・偵察・狙撃・鼓舞　がなくなり
修行・伝授・応援・威圧・突撃　が追加されている。

フリーオーダーシステムの事実上廃止

ＣＯＭＰＡＣＴの目玉と言えるこのステージ選択システムは
今作では一部シーンのみ採用だが、選択順で起きるイベント等はなく。ただ選択できるだけという粗末なものになっている。
※一応、選択したルートによって加入する機体や入手できる強化パーツの変化はある。

パーソナルデータテーブルシステムの廃止

これもＣＯＭＰＡＣＴを代表するシステムであったが、
今作では廃止。キャラクターの精神コマンドは固定となった。

スキルコーディネイトシステムの廃止、パイロット養成システムの導入。

今作ではクリアターンによって得られる特殊能力はなく、代わりにＰＰが得られるようになった。
このＰＰは敵ユニットからも得られ、このＰＰを使用することによりパイロットを育成できる。
ただしサブパイロット（戦闘能力を持たないパイロット）はＰＰを得られることができず、養成することができない。
また得られるＰＰの量も明らかに不足しており、試験的導入ということで調整不足感は否めない。

会話早送り・戦闘アニメ切り替え機能・どこでもセーブの導入

会話早送り　　　　　：会話パートや戦闘パートでＢボタンを長押しすると会話を早送りできる。
戦闘アニメの切り替え：戦闘アニメのＯＮ／ＯＦＦ、援護のＯＮ／ＯＦＦを設定できるようになった。
　　　　　　　　　　　さらに援護は武器の変更も行えるようになった。
どこでもセーブ　　　：クイックセーブとは別に、会話パートや戦闘パート、ＥＰ中などどこのタイミングでも
　　　　　　　　　　　セーブを行えるようになった。ただしバグを誘発させる可能性が高い。

グリッド線のＯＮ／ＯＦＦ

戦闘パートでグリッド線のＯＮ／ＯＦＦを選べるようになった。