Mac OS X Tips
ZDNet Japan builderの記事「開発環境「Xcode Tools」付属の差分表示ツール「FileMerge」をUTF-8対応に」より
http://builder.japan.zdnet.com/sp/snow-leopard-09/story/0,3800100196,20404333,00.htm
PreferencesのFiltersに
/usr/bin/iconv -c -f UTF-8 -t SJIS $(FILE)
をセットする。