| ■上場■ | 1社 |
| ＜1999年９月２日＞ | |
| 株式会社光通信 | |
| ■２部から所属変更■ | 15社 |
| ＜1999年９月１日＞ | |
| 株式会社クレディア | （2007年10月15日廃止＝民事再生法適用申請） |
| 株式会社サニックス | |
| シャディ株式会社 | （2007年９月11日廃止＝ＭＲＣホールディングス株式会社と株式交換） |
| フォスター電機株式会社 | |
| 株式会社ヤマト | |
| 株式会社ラウンドワン | |
| ローランド株式会社 | |
| 株式会社ワールド | （2005年11月15日廃止＝株式会社ハーバーホールディングスアルファと株式交換） |
| 株式会社データ通信システム | |
| 三洋電機クレジット株式会社 | （2007年９月15日廃止＝株式会社ＳＴＶパートナーズがＴＯＢ） |
| 株式会社ニッシン | （2011年８月１日～２部） |
| 株式会社富士通ビジネスシステム | （2009年７月28日廃止＝富士通株式会社と株式交換） |
| 日本電子計算株式会社 | （2006年９月26日廃止＝株式会社ＪＢＩＳホールディングスに株式移転） |
| 株式会社ナック | |
| 北沢産業株式会社 | |
| ■２部に指定替え■ | 0社 |
| ■上場廃止■ | 3社 |
| 1999年９月11日 | 株式会社東京相和銀行＝＜倒産＞ |
| 1999年９月23日 | 東洋アルミニウム株式会社＝＜合併・日本軽金属株式会社へ＞ |
| 1999年９月24日 | 東京田辺製薬株式会社＝＜合併・三菱化学株式会社＝移転・株式会社三菱ケミカルホールディングスへ＞ |
| ■■1999年９月末上場企業■■ | 1357社 |
