| ■上場■ | 3社 |
| ＜2006年９月１日＞ | |
| ＤＣＭＪａｐａｎホールディングス株式会社 | |
| 株式会社松坂屋ホールディングス | |
| ＜2006年９月30日＞ | |
| 株式会社ＳＲＡホールディングス | |
| ■２部から所属変更（※はマザーズから）■ | 10社 |
| ＜2006年９月１日＞ | |
| 株式会社アグレックス | |
| イーピーエス株式会社 | |
| 株式会社エフテック | |
| キムラユニティー株式会社 | |
| マルシェ株式会社 | |
| 株式会社ディーアンドエムホールディングス | |
| 株式会社Ｆ＆Ａアクアホールディングス | |
| 株式会社帝国電機製作所 | |
| 日本調剤株式会社 | |
| 東邦チタニウム株式会社 | |
| ■２部に指定替え■ | 0社 |
| ■上場廃止■ | 10社 |
| 2006年９月19日 | 株式会社すかいらーく＝＜交換・ＳＮＣインベストメント株式会社＝金銭交付＞ |
| 2006年９月26日 | 株式会社テトラ＝＜合併・不動建設株式会社へ＞ |
| 2006年９月26日 | 株式会社インテック＝＜移転・株式会社インテックホールディングス＝移転・ＩＴホールディングス株式会社へ＞ |
| 2006年９月26日 | 株式会社ＣＲＣソリューションズ＝＜合併・伊藤忠テクノサイエンス株式会社へ＞ |
| 2006年９月26日 | 株式会社ＳＲＡ＝＜交換・株式会社ＳＲＡホールディングスへ＞ |
| 2006年９月26日 | 日本電子計算株式会社＝＜移転・株式会社ＪＢＩＳホールディングスへ＞ |
| 2006年９月26日 | 阪神電気鉄道株式会社＝＜交換・阪急ホールディングス株式会社へ＞ |
| 2006年９月26日 | 株式会社山口銀行＝＜移転・株式会社山口フィナンシャルグループへ＞ |
| 2006年９月26日 | 株式会社もみじホールディングス＝＜移転・株式会社山口フィナンシャルグループへ＞ |
| 2006年９月26日 | 日新火災海上保険株式会社＝＜交換・株式会社ミレアホールディングスへ＞ |
| ■■2006年９月末上場企業■■ | 1693社 |
