改造は、個人の範囲内で楽しんで下さい。なお、ランキングのデータ送信することは迷惑行為である(と住民は判断している)ので絶対に行わないで下さい。
ねおクエ内部のデータを通常プレイ以外の何らかの方法によって変数等を変更する行為を不正という。それによって能力を不正に変更したデータを改造データー、不正データなどと呼ぶ。 不正行為のうちでねおクエのswf自体の数値や設定を書き換える行為は逆アセンブルを利用した不正行為である。
ねおクエが公開されてしばらくした頃、レベルやその他の能力が1にもかかわらず、お金が最大(999999999G)のデータが召喚に出回った。
不正データが一般的に知られるようになったのは2003年後半からで、不正という話題がユーザーの中で蔓延し、データの改造を可能とする人が現れた。そしてそれがさらに話題になってしまう。2004年始めにはそれを原因としてねおクエチャットというシフトアップネット公式のチャットが閉鎖された。
2005年には、「不正協議会」という名の改造データが一般に公開されて以降、数々の改造データが非公式の掲示板で蔓延してしまうという事態が起こった。シフトアップネット管理者は急遽Ver.3を作成し、改造データを作成できないようにする準備をしたが、そのまま更新されずに残っているという状態にある。
インターネットがより簡単に利用できる時代を迎えたため、さらに事態は悪化し、先の改造データを作成する人がさらに増え、作成法がさらに広まったため、悪用して掲示板を荒らす人々が現れた。それを煽る人が出て、シフトアップネット管理人や、有志の人の手には負えなくなったため、掲示板を隠し(掲示板自体は存在する)、さらに改造データでの書き込みをできなくするために掲示板のログイン方法を変更した。
その間、一部のユーザーの間では上記の内容を含むことを発端として罵倒のし合いが起きるなど、いわゆるネット上での「治安」の悪い状態が続いた。
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今現在、確認されている方法は3種類ある。
関連項目:ねおクエ黒歴史