Linux

Vine Linux を中心に・・・

続編：Calc と連携できる RのインストールⅡ

(2007/11/22)

前回の設定通りにすると，設定しているユーザーのみCalcとRの連携を利用できるが，今回はパソコンのユーザー，みんなが使えるように設定する。
1. 前回より変更する点は：
  1. 環境変数の設定ファイルの変更
  2. 拡張機能の追加方法の変更
2. 環境変数の設定
  1. ここでは，みんなの環境変数を変更するために「 /etc/profile 」を変更する。
    
    # emacs /etc/profile 注：このファイルを変更する前，【 cp /etc/profile /etc/profile.old 】などでバックアップを取る事をお勧めします＞＜;;
  2. ＜ # System wide environment and startup programms,for login setup ＞の下に,
    
    export R_HOME="/usr/local/lib/R"
    
    export LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib/R/lib"
```
を書き加えて，保存して閉じる。
```
3. システムを再起動する。
4. 拡張機能の追加
  1. OpenOffice.org Calc においての設定：「ツール」-「拡張機能マネージャー」- 「OpenOffice.org拡張機能」 -「追加」からダウンロードした StatConnector.oxt を追加する。
その他は前回と一致する

Calc と連携できる RのインストールⅠ

(2007/11/14)

システムの準備：
1. 【 apt-get install R 】によって，パッケージからRを入れている場合は削除すべき：【 apt-get remove R 】
2. 【 apt-get install 】で入れておく必要のあるもの:
  1. readline
  2. readline-devel
  3. XOrg-devel
3. gcc,f2cとg77(fortran)などのコンパイラがない場合は入れて置くべき
ダウンロード：(/root または /home などへ保存)
1. R のソースファイル(CRANから)
2. RProxy のソースファイル（sunsiteから）を書き加えて，保存して閉じる。--他のソフトウェアと連携するためのもの
3. Uno Component : StatConnector.oxt(Linux用)--OOo Calc用のコンポーネント
4. 必要に応じて，デモファイルもダウンロード：http://sunsite.univie.ac.at/rcom/download/devel/RDemoDens.ods

インストール：

# tar zxvfp R-2.6.0.tar.gz	Rソースファイルの解凍
# tar zxvfp R-devel_2007-05-09.tar.gz	RProxyソースファイルの解凍
# mv R-devel_2007-05-09 R-2.6.0/src/extra/proxy	R-devel_2007-05-09 を R-2.6.0/src/extra/proxy という名前に変更
# patch -p1 -d /root10/R-2.6.0 <R-2.6.0/src/extra/proxy/R-devel_patch	パッチファイルの適用

「Assume -R ?」などと聞かれたら， y を入力する。

# cd R-2.6.0
# ./configure --enable-R-shlib	オプションの付いたconfigure
# make
# make install
# cd	/root (/home) に戻る

【 R 】と入力し、うまくインストールされていることを確認する。 > q() で終了させる。

環境変数の変更

環境設定ファイルの区別：

環境設定ファイル	役割
/etc/profile	すべてのユーザーに共通の設定を記述
~/.bash_profile	各ユーザーがログインしたときにのみ，bashが読み込む設定(環境変数など)を記述
~/.bashrc	bashが新たに起動するたびに読み込む設定(エイリアスなど)を記述

ここでは，環境変数を変更するために「~/.bash_profile」を変更する。

# emacs ~/.bash_profile
1. <User specific environment and startup programms> の下に,
  
  export R_HOME="/usr/local/lib/R"
  
  export LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib/R/lib"
```
を書き加えて，保存して閉じる。
```

RProxyを移動させる

$ cp R-2.6.0/src/extra/proxy/libRproxy.so /usr/local/lib/R/lib ローカルへコピー♪
システムを再起動する。
OpenOffice.org Calc においての設定
1. 「ツール」-「拡張機能マネージャー」-「マイ拡張機能」-「追加」からダウンロードした StatConnector.oxt を追加する。
2. 「ツール」-「オプション」-「セキュリティ」-「マクロのセキュリティ」を”中”または”低”に設定する。
RとCalcの連動をテスト：
1. デモファイルを起動し，スライダを動かしてみる。

OpenOffice.org をソースからインストール

(2007/11/14)

ダウンロード：
1. http://ja.openoffice.org/downloadより最新のものを，/rootまたは/homeなどへダウンロードする

ダウンロードファイルのあるディレクトリで，

# tar zxvf OOo_2.3.0_LinuxIntel_install_wJRE_ja.tar.gz	ダウンロードファイルを解凍する
# su -c 'rpm -ivh OO/RPMS/.rpm'	JREを含めたすべてのrpmファイルをインストール

すでに最新バージョンのJREをインストールした場合は：

# su -c 'rpm -ivh OO*/RPMS/ o*.rpm' OpenOffice.orgのみインストール
ここで，コマンドで

$ /opt/openoffice.org2.3/programm/scalc
(文末はsbase,scalc,sdraw,simpress,smath,swriter)などでも起動できるが，メニューに登録する方法もある：

# su -c 'rpm -ivh OO*/RPMS/desktop-integration/openoffice.org-redhat-menus*.rpm' 注：Vine Linuxの場合

システムを再起動させる。
アンインストールの方法に関して：
# su -c 'rpm -e `rpm -qa|grep "openoffice\.org.*2\.3"`'
注：OpenOffice.org2.3の場合

JRE(Java Runtime Environment)をソースからインストール

(2007/11/13)

ダウンロード：
1. http://java.comの「JAVA ソフトウェアのダウンロード」へ行き， Linux RPM (自己解凍ファイル) をダウンロードする。
インストール：(/usr にファイルを書き込むため，root権限が必要)

# cd /usr	すべてのユーザーが使えるように/usrへインストール
# mkdir java	/usr にjava というディレクトリを作成する
# mv ~/Desktop/jre-6u3-linux-i586-rpm.bin .	ファイルをダウンロードしたディレクトリより /usr/java へ移動
# chmod a+x jre-6u3-linux-i586-rpm.bin	実行できるように権限を変更する
# ./jre-6u3-linux-i586-rpm.bin	rpm ファイルを作成する

すると，契約書が表される。最後まで進んだら，【 yes 】と入力し，作成処理が開始する。現在のディレクトリ( /usr/java )に rpm ファイルが作成される。

# rpm -iv jre-6u3-linux-i586.rpm

パッケージのインストール

すると，jre1.6.0_03(パッケージ番号)と言う名前のディレクトリが作成される。

有効化と設定：

# cd /usr/lib/mozilla/plugins	<Mozillaのインストール先ディレクトリ>/plugins に入る
# ln -s /usr/java/jre1.6.0_03/plugin/i386/ns7/libjavaplugin_oji.so	現在のディレクトリで,JREディレクトリの libjavaplugin_oji.so ファイルへのシンボリックリンクを作成する

Mozillaブラウザを起動（すでに開いている場合は再起動）する。
「編集」-「設定」-「コンテンツ」-「Javaを有効にする」を選択する。

Javaのインストール完了したかどうかのテスト
1. http://java.com/ja/download/help/testvm.xml
アンインストール：

# rpm -q jre JREのバージョンを確認する

# rpm -e jre-1.6.0_03-fcs アンインストール

patch について

(2007/11/07)

コマンド patch についてのページ：patch
OOo＆Rの連携のためのインストール手順にて
- 英文の“Apply the patch src/extra/proxy/R-devel_patch to the R top-level directory”で実行するためのコマンドはこのように：
```
patch -p1 -d /root/R-2.6.0 < R-2.6.0/src/extra/proxy/R-devel_patch
```

先生に助けていただきました！＾口＾

Rをソースからインストール

(2007/10/19) 【 apt-get install R 】でもインストールは可能だが，少しバージョンが遅れているようなので，ソースからのインストールを試してみました。

システム：　Vine 4.1 & R-2.6.0 インストールのために必要なもの：

gcc と fortran コンパイラ(f2c or g77)，ほとんどの場合は自動的にインストールされているが，~~ない場合は「Synapticパッケージマネージャ」で「gcc」または「f2c」,「g77」でパッケージを検索し，インストールします。~~　インストールするにはこのように：

$ apt-get install gcc	gcc(Cのコンパイラー)の関連パッケージをインストール
$ apt-get install gcc-g77	g77(Fortran 77のコンパイラー)の関連パッケージをインストール
$ apt-get install f2c	f2c(Fortranのコンパイラー)の関連パッケージをインストール

Xorg-devel(X window system 関連のものみたい＞＜具体的なことはまだ分からない)：　【 apt-get install XOrg-devel】
- インストール手順：

CRANからソースファイルをダウンロードし，/home（または /root）に保存する

解凍し，configure と make　をします。

# tar xvfz R-2.6.0.tar.gz	’ファイルの解凍
# cd R-2.6.0
# ./configure	'make の準備
# make
# make install	’ここでは，管理者の権限が必要

一時的に管理者権限を利用するには，スーパーユーザーになれば良いでしょう：

# su	'rootのログイン
# exit	'rootのログアウト

とても親切なサイト：山本先生の「Rのインストール」

Adobe Readerをソースからインストール

(2007/10/16)

1.Adobe Readerのダウンロードページから，最新バージョンのファイルをダウンロードする。---一時的に管理者権限を利用するには，スーパーユーザーになれば良いでしょう：

# su 'rootのログイン

# exit 'rootのログアウト

2.ターミナルウィンド(あの真っ黒の画面♪）で，ダウンロードファイルを置いてるディレクトリで，(ファイル名を入れ替えて！！⇒)【 rpm -ihv AdobeReader_jpn-7.0.9-1.i386.rpm 】を実行する。

◎完了！！＾＾
インストール完了の確認(わたしの場合は)：「アプリケーション」⇒「オフィス」に入っているかどうか。(なぜオフィスのメニューに入っているんだろう??＞＜)

OpenOffice.org をパッケージからインストール

(2007/10/12) 1.メニューの「ディスクトップ」−「システム管理」−「Synapticパッケージマネージャ」を開き、検索のところでパッケージ名で【 OpenOffice 】を探してもらい、関連のあるものをチェック(インストールを選択)します。

2.「依存により要求された変更を追加しますか？」と聞かれたら、【マーク】を選択します。

3.パッケージマネージャの主画面の上の部分にある【適用】をクリックします。

4.インストールの確認：メニュー「アプリケーション」に「オフィス」という項目が増えているかどうかを確認します。

Rをパッケージからインストール

(2007/10/12) またも先生に許可を得て，新たしいマシンにVine Linux4.1を入れました！今回はフルインストールでも無事でした＾口＾

今日は，Na先輩＆しも先輩，そして「空飛ぶカボチャ」と言うサイトから教えてもらいながら，Rを入れることに成功しました。
- 先生がおっしゃったように【 apt-get install R 】を入力しても，エラーメッセージの”パッケージRはありません”と出て，うまくいきませんでした。
- HPの空飛ぶカボチャを参考に：

Rのパッケージが入っているVine extraを有効にし(デフォルトは無効)，パッケージRをダウンロード＆インストールという作業でした：

1.root権限で，【 vi /etc/apt/sources.list 】と入力viというエディタでsources.listを編集)

2.sources.listの中のこの部分を書き加える。

# （master)

rpm [vine] http://updates.vinelinux.org/apt 4.1/$(ARCH) main plus extras updates nonfree

rpm-src [vine] http://updates.vinelinux.org/apt 4.1/$(ARCH) main plus extras updates nonfree}

3.次にapt-getする：

apt-get update #アップデートリストをダウンロード

apt-get upgrade #アップデートをインストール

apt-get install R #アップデートしたパッケージRをインストール

4.【 R 】と入力し，Rが立ち上がる。注：vi(まだemacsが使えない＞＜)の操作方法

さらに，RjpWikiのRのインストールのページも参考になります。

❀❀Linuxのはじまりぃ❀❀

(2007/10/9)　

9月下旬にI先生に許可を得られた上で，研究室のあるパソコンにLinuxを入れてみました。自分で何回も試してみても失敗したから，先生に助けていただきましたｍ＿　＿ｍ
今日はネットワーク設定に挑戦してみました⇒失敗！！
- /usr/sbin/netconfig　からIPアドレスとネットマスクを設定したけど，OKを押しても保存されないみたい・・・アドレスが消える＞＜
- /etc/sysconfig/network-scripts を直接編集するという方法もあるみたいですけど，emacsも使えないし，編集方法が分かりません。
ネットワーク設定が完成すれば，RとOOoを入れて，Linux上の連携はどのようになるかを確認したいです。

お役に立てて光栄です＾口＾始ったばっかりですので，きっとどこかに問題があると思います。また意見を聞かせてもらえたら助かります！よろしくお願いしますm＿＿m -- tryo (2007-11-14 18:15:15)
Java、Rのインストール法参考にしております。コマンドとその意味を書いててくれてわかりやすい◎ -- yohshimo (2007-11-14 10:56:35)
全体のアップデートをしたからと考えられるが，いつの間にかEmacsが入ってました！＾口＾ -- tryo (2007-10-16 10:37:33)
R(RCOM)とOOoをつなぐUno ComponentをCalcに拡張機能として追加ようとしたけど、Windows上のようにうまくいきません！＞＜・・・StatConnector_Linux.oxtの有効化が出来ません。どうすればいいでしょう(泣) -- tryo (2007-10-12 23:10:36)
次に・・OpenOffice.orgを入れたいと思います！てふーもしたいけど難しそう＞＜ -- tryo (2007-10-12 16:59:01)
ESS(Emacs Speaks Statistics)が気になります！RjpwikiにあるESSのページ今度使ってみたいと思います。 -- tryo (2007-10-12 16:52:25)

便利なリンク

Linuxコマンド集(逆引きコマンド集)

参考書

Linuxの教科書 (IDGムックシリーズ) （2007-10-30）

「Linux」をウィキ内検索

最終更新：2009年06月07日 11:45

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