gromacsコンパイルon cygwin

(工事中)

GROMACS 4.5.1のインストール

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非MPI版、単精度版のインストール

fftwインストール

cygwin setupでインストールされるfftw3はgromacsでは使えないので、もしfftw3がsetupからインストールされていればremoveしておく。octabeがfftwに依存しているので、もしインストールされていればoctabeも削除する必要がある。

http://www.fftw.org/ からfftw-3.2.2.tar.gzを適当なディレクトリにダウンロード、展開し、展開されたディレクトリにcdする。

./configure --enable-float
make
make install

gromacs インストール

http://www.gromacs.org/Downloads からgromacs-4.5.1.tar.gzを適当なディレクトリにダウンロード、展開し、展開されたディレクトリにcdする。

./configure --with-fft=fftw3 LDFLAGS="-L/usr/local/lib" CPPFLAGS="-I/usr/local/include"
make
make install

~/.bash_profileに以下を追加

source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

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非MPI版、倍精度版のインストール

fftwインストール

cygwin setupでインストールされるfftw3はgromacsでは使えないので、もしfftw3がsetupからインストールされていればremoveしておく。octabeがfftwに依存しているので、もしインストールされていればoctabeも削除する必要がある。

http://www.fftw.org/ からfftw-3.2.2.tar.gzを適当なディレクトリにダウンロード、展開し、展開されたディレクトリにcdする。

./configure
make
make install

gromacs インストール

http://www.gromacs.org/Downloads からgromacs-4.5.1.tar.gzを適当なディレクトリにダウンロード、展開し、展開されたディレクトリにcdする。

./configure --with-fft=fftw3 LDFLAGS="-L/usr/local/lib" CPPFLAGS="-I/usr/local/include"  --disable-float --program-suffix=_d 
make
make install

~/.bash_profileに以下を追加

source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

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