解糖系

呼吸によって分解される基質は特に呼吸基質と呼ばれるが、解糖系（好気呼吸）の呼吸基質はグルコース（ブドウ糖：C6H12O6）である。
解糖系では、一分子のグルコースが分解されて、最終的に二分子のピルビン酸（C3H4O3）が生成する。
この際ATPが二分子消費され、脱水素酵素のはたらきで水素（4[H]）が切り出されるとともに、ATPが四分子生成する。
つまり、ATPは差し引き二分子生成することになる。
また切り出された水素は、補酵素NAD（ニコチン(酸)アミドアデニンジヌクレオチド、nicotinamide adenine dinucleotide）に結合した形（NAD[H]2）で、電子伝達系へと受け渡される。

C6H12O6 → 2C3H4O3 + 4[H] + 2ATP

なお後述するように、解糖系によって生じるピルビン酸は嫌気呼吸によっても消費可能なので、解糖系そのものの進行に酸素は必須ではない。