第二次ネオ・ジオン抗争

• アクシズを地球に落下させ「核の冬」を引き起こそうとするシャアと「人の心の光」を信じるアムロとの最後の戦い

地球連邦軍

ミッション	レベル	勝利条件	敗北条件	制限時間	出撃不可	解放条件（～クリア）	入手可能パーツ
5thルナ	★	ヤクト・ドーガ（ギュネイ専用）の撤退	なし	5:00	地上・水中専用機	初期	カスタムシールド&br;チョバムアーマー
ネオ・ジオン追撃	★★	ギラ・ドーガ（レズン専用）の撃墜	ラー・カイラムの撃墜	6:57	地上・水中専用機	5thルナ	チョバムアーマー
ルナツー防衛戦	★★★	敵船艦の殲滅	なし	9:58	地上・水中専用機	ネオ・ジオン追撃	チョバムアーマー
宇宙の虹	★★★★★		νガンダムの撃墜	20:00	地上・水中専用機	ルナツー防衛戦	ハイブリッドアーマーβ ムーバブルフレーム ハロ

※普通に買える機体は性能的にパッとしない。できれば事前にスタークジェガンを用意しておきたいが、リガズィでも何とかなるといえば何とかなる。ビームライフルの扱いに慣れておこう。
ルナツー防衛線では条件を満たすと右のエリアに移動できるようになるが、うかつに侵入するとジャルムフィン×３に瞬殺される結果に。彼らはかなりの強敵なので腕試しでもなければ近寄らないのが吉。クリアするだけならヤクト・ドーガのいる下のエリアもいく必要はない。

ネオ・ジオン

ミッション	レベル	勝利条件	敗北条件	制限時間	出撃不可	解放条件（～クリア）	入手可能パーツ
地球寒冷化作戦	★	リ・ガズィの撃墜	-	5:00	地上・水中専用機	初期	チョバムアーマー
陽動作戦	★★	νガンダムの撃墜	-	13：00	地上・水中専用機	地球寒冷化作戦	チョバムアーマー
ルナツー制圧作戦	★★★	敵船艦の殲滅	-	13:00	地上・水中専用機	陽動作戦	チョバムアーマー アクティブサスペンション リニアシート
忌まわしき記憶とともに	★★★★★	ラー・カイラムの撃沈	レウルーラの撃墜	20:00	地上・水中専用機	ルナツー制圧作戦	準サイコミュ ハイブリッドアーマーβ 強化型サスペンション&br;Ｉフィールド発生器

※初期機体のギラドーガが優秀。特に乗り換えなくても十分クリア可能。νガンダムはSPアタックをきっちりガードすることさえ忘れなければそこまで苦労する相手ではない。