mrFA 視野解析マニュアル

Matlab 6.5を起動 (7.0以上では起動しない 2009.1)

• SPM fmriでinplaneをanalyze formatにしておく
• mrFA135と入力してリターン

以下の画面が起動する

Preprocessings -> Changing ‰ signal -> ok -> 実験数を選んでok
データのあるフォルダを選んでok
r-data系列をすべて選んでok（すべて選ぶ場合はどこか1個を選んだ後Select all）

All Preprocessing -> 実験数を選んでok
PermillageSignalChangeを選択してok
Permillage-r-data系列をすべて選んでok
Spacial Smoothing (Gaussian): 0 0 0 means skip
0 0 0
High Pass Filter (Herts): 0 means skip
2
Temporal Smoothing (Moving Average): 0 0 0 means skip
1 2 1　(VISTAでは、高周波のノイズを除去していないので、VISTAの結果と比較したいのなら、0 0 0でもよい)
FFT Cutting 1 (Tripple): 0 means skip
8
FFT Cutting 2 (Tripple): 0 means skip
9
としてok

Preprocessings -> Averagingを選んでok
CWの実験数（= CCWの実験数）を選んでok
CW 8cutの同じ実験を順に選ぶ（CW wedgeデータの平均）
CW 9cutの同じ実験を順に選ぶ（CW ringデータの平均）
CCW 8cutの同じ実験を順に選ぶ（CCW wedgeデータの平均）
CCW 9cutの同じ実験を順に選ぶ（CCW ringデータの平均）
そしてok

All Analyze -> Select inplane img firstly. Ok
Inplane画像を選んでok
Simple Regression Analysis -> ok
HRF curve -> ok
TR (sec) 2
Stimulus Duratiom (sec) 4 -> ok
Analysis Phase Steps 3 -> ok
実験数（ここでは４）を選んでok
02CW/PermillageSignalChange/HighPass2_TmSm1_2_1FFT8Cutx/Averagedを選んでok
Ave_sm_Permillage_r_02CW_***_007.imgなど全部選んでok

Parameters Scan Number is ""
Frequency(Hertz)
-トータルのcycle数を入れれば良い。144scanで1周期32secなら16scanなので 9cycle, 36secの場合は 8cycle.　注意すべきは FFT9cutの場合は8を、FFT8cutの場合は9をいれるというように逆転していること！
Slice Timing (1:accending, 2:decending, 3:none)
- 2 

Inplaneを押してInplane画像を選択->画面にInplane画像が提示される
Read Functional Imageを押して
02CW/PermillageSignalChange/HighPass2_TmSm1_2_1FFT8Cutx/Averagedを選んでok
Ave_sm_Permillage_r_02CW_***_007.imgなど全部選んでok
Analysisボタンを押すとLoad Analyze Quitと聞かれるのでLoadを押す
（Analyzeを押してしまうと解析をやり直すことになる）
Finished -> OK

Inplane 画像上に解析結果が乗る
自動的に9Hz, 16Scan/Cycle, Descending, r=0.37などが表示されている
必要があれば変更して活動状態を見ることもできる

Mapping -> Phase Mapping -> Simple Variant Regression->Ok
CW（wedge実験）のfuruanatを選んで->開く
CCWの対応するfuruanatを選んで->開く
Corrected Phaseを押すと計算が始まってHDDを意味するヒストグラムが表示される

ROI with Mouseを押してinplane画像の任意の場所を左上から右下にドラッグすると
関心領域が選択され、補正値に基づいた色相の反応マップが表示される
後頭葉全体を含むようにこれを行ない、CorとSagでも行なう
[Save ROI]->[For mrFA]で、ROIを保存できる。
FFT in ROIを押し、名前（たとえばwedgeとか）をつけて保存
（保存場所はその実験の最上位にいつもしている）

Mapping -> Phase Mapping -> Simple Variant Regression->Ok
CWのもう一つ（ring実験）のfuruanatを選んで->開く
CCWの対応するfuruanatを選んで->開く
Corrected Phaseを押すと計算が始まってHDDを意味するヒストグラムが表示される

関心領域は先ほどと同じものが出ているがもし出ていない場合はShow ROI Center
FFT in ROIを押し、名前（たとえばringとか）をつけて保存
（保存場所はその実験の最上位にいつもしている）

Perimetryを押すとmrFAsub24ウィンドウが開く
Loadボタンを押す
選択ウインドウで保存したringとwedgeを選ぶ

たとえば

Correlation Threshold 0.3
Eccentricity 7
Angle 16
Magnificactionにチェック
Raius(°) -----Radiusの間違い？
10
Radiate VFにチェック
でDrawを押すと視野が描かれる

最後にHDDを補正したwedgeとringのCoranalを保存する方法
FuruanatをCWとCCWの順で選ぶ。
HDDfuruanatとでも名づけて保存すると、混乱しなくてすむ。

Preprocessing->furuanat to CorAnal
Furuanatを選んで、その数を選んで補正したfuruanatのファイルを選んで開く
Select Z axisでdescendingを選んでOk(NICTならAscending)
Newを押して保存するべき場所を選んで保存

選んだfuruanatの数と、mrInitretで設定した実験数との間に違いがあると、後々エラーの原因になる。
VISTAのPfliesフォルダのファイルの数をコピーしたり削除したりして調整してその上でmrInitretを設定する。

このCorAnalファイルをコピーしてmrVISTAのinplane\originalフォルダにペーストする。
mrVISTAでview -> phaseでその補正された反応をInplane画像で見ることができる
その後は通常のmrVISTAと同様。

Gray windowで、xform CorAnal inplane to Gray
3D, Flat windowでも、CorAnal volume to 3D/Flat
corAnalデータはinterpolateする。