エンコードソフトウェア

フリーからシェアのものまで多数ありますが、
ニコニコ動画向けエンコードの場合は

のいずれかで問題なくエンコードできると思われます。

↓これ紹介じゃないんでだれか紹介かいｔ(ry
ニコニコ動画まとめwikiのAviUtlを使ったMP4 (H.264) エンコードを参考にAviutlの導入、プラグインの導入をすると良い。
エンコード基本工程ではAviutlを用いて工程を説明するので、エンコードを初めてやるという人はAviutlを導入しておくことをオススメします。
もしくはsorairotools.com様のAviUtlでDVDを綺麗にアップコンバートする。「その1 導入編」,「その2 設定編」,「その3 変換編」を参考にするのもアリ。
ただ細かい設定がニコニコ動画向けではないので、こちらの場合はエンコード基本工程に設定等を載せる予定なのでそれを見てエンコードするとよい。