楽師マーの護衛を兼ね、賢者の石を手に入れるべく、ダークネス城へと出発した一行。
順調に進んでいたものの、目的地を目の前にして克樹が流行病に倒れ、
その隙をついて現れた四天王の一人、雷電によってつれさられてしまう。
怒り狂う直也を追って、囮と知りながらも城へと向かうルーフェイ達。
北の帝国ノウスの大臣に操られた
エビル、トレジャーハンターのミンも登場し、
克樹を人質として生かそうと四天王のヒナまでもが参入。
城門から次々とあふれ出すモンスター達をなんとか撃破し、内部へ突入するも、
それぞれに分断され、さらなる戦いを強いられる仲間達。
あるものは罠にはまり、あるものは援護し、あるものは彷徨い…物語は複雑に絡み合う。
しかし先へと進むルーフェイの前に、罠にはまりシャードーに洗脳された直也が立ちはだかる。
身を犠牲にしてマー守ろうとするルーフェイ…しかしあまりに強力な直也の力に苦戦する。
だが死闘の末、突如崩れてきた瓦礫によって直也が押しつぶされてしまう。
その光景を見たルーフェイは、自分の無力さを嘆くあまり悪魔の血を暴走させてしまう。
錬金術によって悪魔の力を一時的に封印するマー。あわやというところで、
強い心と、聖なる力を持つアクセサリーによって、ルーフェイは我を取り戻す。
そこに駆けつけ直也を助けた出したのは、なんと四天王の雷電であった。
彼もまた、依頼主であり全ての黒幕である四天王シャードーに裏切られていたのだ。
精霊使いグレイの放った月の魔力を高める術、またマルモ達の砲撃によって、事態は混迷を極めていく。
押さえきれない魔力を放つ鏡竜。彼と合流したミン。動力炉を破壊しに向かうグレイ。戦い続ける
ササノハ達…
一方、体力を回復した囚われの克樹は、仲間を救いたいと強く願うことで、神族
ロージェノムらを引き寄せる。
光と闇の精霊、ウィスプとシェイドを手に入れた克樹は、雷電の助けもあって命からがらヒナの手から逃れ、
ルーフェイとマー、正気を取り戻した直也、雷電の手から逃れたドワーフの
ライアスとの合流を果たす。
克樹の案内によって、最上階を目指す一行。ついにたどり着いたそこには、相対する雷電とシャードーの姿が。
城の頭部を破壊する、と言い残して去っていく雷電。本性を現したシャードーはあざ笑いながら真相を語る。
賢者の石とはすなわちシャードーそのものであり、ダークネス城の正体は、かつて一度は破壊されたものの、
多くの人々の命を糧に再び作られた、無限に魔物を生み出し続ける生きているドラゴンなのだと。
卑劣にもシャードーは城に取り込まれた者達…すなわちマーの故郷に住む人々の命を人質にとる。
いきどおる仲間達。やがてマーは苦渋の決断を下す。みんなを浄化し、楽にさせてやってくれと…
ルーフェイ達を先に連れ出すよう直也はライアスに命じ、マルモの砲撃によって空いた穴を結界でふさぐマー。
そして、精霊サラマンダーの力を借りた、直也の命をかけた渾身の一撃、最終奥義“日輪の舞”がシャードーを討つ。
“剣鈴”を解放し、天に昇ってゆく同胞の魂を浄化するマー。精霊神を呼び出し強すぎる力を対消滅させ、姿を消したグレイ…
神族の力を遣い世界の歪みを正し、記憶を失うロージェノム。意味深な言葉を残して去っていった、謎の少年ネモ。
奥義の代償に、視力を失った直也は雷電に助けられ、ミン達も脱出。仲間達はようやく生還を果たした。
だがその裏では、狼に変身したマルモを使い、シャードーの欠片を回収するヒナの姿もあった……………
結局のところ以来は賢者の石の消滅ということで決着し、報酬が支払われることはなかった。
