自治省 - 真 避難用「機動戦士GUNDAM SEED―Revival―」@ ウィキ

主権返上した国家の行政（開発、産業、経済、治安等）を管理する。

直轄領においては直接その地域の行政を司り、他の連合参加国（主権返上した国々）は、各国政府の代わりに設置された行政府に対して連合の政策遂行を命令・委任する。
しかしその一方で逆に各行政府の陳情も受け付ける、いわば地方と中央のパイプ役。

統一政権が樹立できていない現在は、政府内の小さな政府といったところであり、その役割は非常に大きい。