ストーリーイベントとクエストが融合した形の新しいシステムを用いて、個性豊かな新キャラクターたちと航海者(プレイヤー)がストーリーを織り成していくのが“エピソード”です。
| クエスト名 | 請負街 | ギルド | 備考 |
| 帝都を覆う影 | サントドミンゴ | 商人 | |
| 儚きものへの想い | ポルトベロ | 冒険 | 「帝都を覆う影」の続き |
| 神となった男 | ポルトベロ | 冒険 | 「儚きものへの想い」の続き |
| それぞれの動向 | ポルトベロ | 冒険 | 「神となった男」の続き |
| コルテスという男 | ポルトベロ | 商人 | 「それぞれの動向」の続き |
| ある娘の歩んできた道 | ポルトベロ | 冒険 | 「それぞれの動向」の続き |
| アステカという存在 | ポルトベロ | 商人 | 「それぞれの動向」の続き |
| 朋友 | ポルトベロ | 商人 | 「それぞれの動向」の続き |
| 傀儡の反逆 | ポルトベロ | 海事 | 「それぞれの動向」の続き |
| キューバ総督の依頼 | サントドミンゴ | 海事 | 「傀儡の反逆」の続き |
| 悲しき夜 | サントドミンゴ | 海事 |
称号「オセロメー」獲得 「キューバ総督の依頼」の続き |
| 陽はまた昇る | サントドミンゴ | 海事 |
「悲しき夜」の続き 装備品「ジャガー戦士の衣」獲得 |
| 以下のクエストは本編終了後の派生エピソード（繰り返し可） | |||
| ジャガー保護作戦 | ポルトベロ | 冒険 |
「陽はまた昇る」の続き 前提冒険クエスト「一撃！」 ジャガーの皮3つ獲得 |
| ジャガー保護作戦 | ポルトベロ | 海事 |
「陽はまた昇る」の続き ジャガーの皮5つ獲得 |
| ジャガー保護作戦 | ポルトベロ | 商人 |
「陽はまた昇る」の続き ジャガーの皮2つ獲得 |
| クエスト名 | 請負街 | ギルド | 備考 |
| 紅いサソリ | ジャカルタ | 海事 | |
| 赤い髪の殺戮者 | ジャカルタ | 海事 | 「紅いサソリ」の続き |
| 逃亡劇 | ジャカルタ | 海事 | 「紅いサソリ」の続き |
| 麝香の香り | カリカット | 商人 | 「紅いサソリ」の続き |
| 栄華の翳り | ジャカルタ | 商人 | |
| 疑惑の祝宴 | ジャカルタ | 海事 | 「栄華の翳り」の続き |
| ぬぐいきれぬ疑念 | カリカット | 商人 | 「栄華の翳り」の続き |
| 宰相の依頼 | ジャカルタ | 商人 | 「栄華の翳り」の続き |
| 伝国の名著 | ジャカルタ | 冒険 |
「栄華の翳り」の続き 財宝「ナーガラクルターガマ」発見 |
| 手を伸ばせど届かぬ背 | ジャカルタ | 冒険 | 「伝国の名著」の続き |
| クエスト名 | 請負街 | ギルド | 備考 |
| 偽りの聖女 | リオデジャネイロ | 商人 | すべての職のエピソードはここから始まる |
| 新開拓団の窮状 | リマ | 商人 |
ハム・ソーセージ・ベーコン各100必要（分納不可） 1M払ってトゥンバガ200獲得 報酬に大型上納品１個 ★調理スキルがないと厳しい |
| エルドラドを求めて | リマ | 商人 | 魚肉100(パナマに有り)必要 |
| 黄金郷 | リマ | 商人 |
アワイヨ1必要（交易品の織物： リマかランバイェケで購入可能） |
| 真のエルドラド | リマ | 商人 | |
| 凶兆の伝達者 | リオデジャネイロ | 冒険 | 「偽りの聖女」の続き |
| ソニュカサパ | ポルトベロ | 冒険 | 「凶兆の伝達者」の続き |
| 責任と選択 | ポルトベロ | 冒険 | 「ソニュカサパ」の続き |
| 女神の魂 | リオデジャネイロ | 冒険 | 「責任と選択」の続き |
| 不審船討伐 | リマ | 海事 | 「偽りの聖女」の続き |
| チンボラソの戦い | リマ | 海事 | 「不審船討伐」の続き |
| カハマルカの戦い | リマ | 海事 | 「チンボラソの戦い」の続き |
| ペルー沖決戦 | リマ | 海事 | 「カハマルカの戦い」の続き |
| キープ・カマヨック | リマ | すべて |
称号「キープ･カマヨック」獲得 商人は「真のエルドラド」、冒険は「女神の魂」、 海事は「ペルー沖決戦」クリア後に提示 他の職業エピで称号を得ていると出せない もらえる服は職業毎に異なる 紹介では受けられます |
| 以下のクエストは本編終了後の派生エピソード | |||
| 栄華の糸口 | リマ | 商人 |
「真のエルドラド」の続き 鉄鉱石100&金属練成の書が必要 最高級アワイヨ１つ獲得 |
| 残り生きる者たちへ | リマ | 商人 |
「真のエルドラド」「ペルー沖決戦」の続き 最高級アワイヨ２つ獲得 |
| いつも二人で | リマ | 冒険 |
「女神の魂」の続き 最高級アワイヨ１つ獲得 |
| 黄金の筏 | リマ | 冒険 |
「真のエルドラド」「女神の魂」の続き 最高級アワイヨ２つ獲得 |
| 離脱部隊の計画 | リマ | 海事 |
「ペルー沖決戦」の続き 最高級アワイヨ１つ獲得 |
| コンキスタドール・ピサロ | リマ | 海事 |
「女神の魂」「ペルー沖決戦」の続き ピサロ15隻沈める 最高級アワイヨ２つ獲得 |
| アンデスの呼び声 | リマ | 海事 |
「真のエルドラド」「女神の魂」「ペルー沖決戦」後に出現 インカ戦士10隻x2 最高級アワイヨ３つ獲得 |
