http://sourceforge.net/projects/flac/ から flac-1.2.1.tar.gz を wget。(※ sourceforge の場合、files からそれっぽいとこをたどる。)
patch
patch -p1 < flac-1.2.1_MinGW_Patch.diff
./configure
./configure \ --prefix=/mingw/x86_64-w64-mingw32 \ --host=x86_64-w64-mingw32 \ --enable-static \ --enable-fast-install
make
make clean && make && make install