| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| Theme of ROCKMAN EXE6 | タイトル | オープニング44位 | |
| 組織 | WWWのテーマ | ||
| セントラルタウン | セントラルタウン | 町曲209位 | |
| In the Room | 熱斗の家・アスタランド | ||
| Saiba Academy | 才葉学園 | ||
| Incident Occurence! | 事件発生 | ||
| トランスミッション! | トランスミッション | ||
| Blast Speed | ロボせいぎょPCの電脳 | ||
| シーサイドタウン | シーサイドタウン | ||
| Aquarium Question ～Shark Panic! | すいぞくかんの電脳 | ||
| Battle Field | 通常戦闘 | 第11回590位 GBA77位 RPGバトル381位 | |
| Enemy Deleted | 勝利 | ||
| グリーンタウン | グリーンタウン | ||
| 疑惑 | 祐一朗が逮捕された時など | ||
| Tree of Judgement | 審判の木の電脳 | ||
| Distortion! | ボス登場 | ||
| Surge of Power! | ナビ戦 | 第10回1000位 第11回545位 GBA22位 RPGバトル442位 | |
| Digital Strider | 通常インターネットエリア | ||
| スカイタウン | スカイタウン | ||
| 約束 | 悲しいシーン | ||
| Break the Storm | ウェザーくんの電脳 | ||
| Evil Spirit | 電脳獣のテーマ | ||
| ホームタウン | 秋原町 | ||
| ヒーロー! | 勇壮なシーン | ||
| Danger Zone! | ウラインターネット | ||
| ナビカスタマイザー | ナビカスタマイザー | ||
| パレード! | 万博・水族館のショーなど | ||
| Graveyard | グレイブヤード | ||
| 伯爵 -crossover ver.- | 未使用曲 | ||
| Game Over | ゲームオーバー | ||
| Loser | 敗北 | ||
| 秘密の本拠地 | 万博2 | ||
| Two of Braves | ラストダンジョン | 第3回538位 第9回866位 第10回773位 第11回232位 第12回964位 GBA9位 ダンジョン105位 | |
| 決戦、電脳獣！ | ラスボス戦 | ||
| 未来 | スタッフロール | ||
| Epilogue | エピローグ |
