《最後の大隊と一番艦「マクロス」》
後に連邦軍の長であるレビル将軍の口から同型艦が多数存在する事が明らかになり、また、第一次オーブ侵攻戦時に当時の地球連邦が行った超AI強制停止事件に対する賠償として、1番艦が勇者新党に贈与されることになっていた。
しかし、受領のためアラスカに向かっていた新党は
モルドール・
最後の大隊・
木星帝国の三軍によって包囲され、最終的に1番艦は単身ドックに乗り込んだ少佐によって奪取されてしまう(
第182話「マクロの宇宙を貫いて」)。
その後1番艦は、大隊の旗艦兼唯一の大規模宇宙戦力として幾多の戦闘に参加し、月面ではラクシズの擁する新マクロス級7番艦（ラクロス7）を砲撃戦の末に退ける(第192話「激突！マクロスキャノン対サウンドバスター！」)などの活躍を見せた。そして第279話「勇気と信念の凱旋【後】」の対
オーブ戦において久々にマクロスキャノンを放つも、ダイセイバーの斬艦刀に真っ二つにされ爆沈した。この時艦内は
動物帝国兵によって動力系が破壊されており、一発でも撃てば周辺部隊にも被害を及ぼす大爆発を起こす状態にあったため、爆沈の結果、大隊は全兵力の半数を喪失し、少佐以下多くの将官(名有り)が一時行方不明になるなど、創設以来最悪の事態に陥った。
その後、生還した大門圭介団長と作戦部長に就任した月代彩の共同指揮の下、第294話「セント・アンドリュースの波闘」で修復（ほとんど復元に近い）作業に着手。30スレ近くを費やして極秘裏に進められ、第319話「上兵伐謀 其下攻城」において、オーブ・新党連合と連邦が砲火を交える最中に全作業を完了し再起動。オーブ本島に上陸していた連邦デストロイド部隊をマクロスキャノンで殲滅して戦場に復帰を遂げた。
爆沈前の1番艦は運用資格者の生体認証システムが起動シークエンスに関係しているため、正資格者の少佐、または副資格者の大門団長が不在の場合は起動できない仕組みになっていた。このシステムが修復後どうなっているかは不明である。
《連邦におけるマクロス―マクロスシティと三十七番艦「ゴリアテ」、三十八番艦「タイガーモス」》
南米ジャブローの連邦軍基地には、複数のマクロス級が繋留されている「マクロスシティ」と呼ばれる区画が存在し、この区画が破壊されない限り基地の再建は可能と言われていた。しかし第349話「地に墜ちる旗」で、
グランショッカーは周到な準備の上で総攻撃を仕掛け、シティへの到達に成功。シティ内のマクロス級を倒壊させた。その後もジャブロー基地は大隊・
騎士団の大規模攻撃やDG細胞の侵食を受けて崩壊したため、連邦は保有する全てのマクロス級を喪失したと思われていた。しかし連邦は月の連邦領土ゲンガナム市にて極秘裏に『ゴリアテ』と『タイガーモス』を建造。両艦は第410話「偽りの撤退戦」にてその存在が明らかになった。
両艦はゴリアテの地球への落下・衝突による地球環境を目的とした「オペレーション・ノア」の為に建造され、計画の発動と共に全世界に初めてその威容を見せ付けた。しかし実際にはタイガーモスこそが計画遂行の本命であり、ゴリアテは各勢力の注目を集める為の囮であった。もっともも囮と言っても決して捨て駒という訳ではなく、二隻同時地球降下が作戦の理想的な結末として想定されていた事は想像に難くない。
ゴリアテ、タイガーモスとも質量増加を目的として艦内のほぼ全区画にバラストを満載しており、本来護衛機として搭載される筈の各種バトロイド・デストロイド、MSなどは殆ど搭載されていなかった。武装も主砲を含む最低限の固定火器が中心であり、ミサイルや魚雷/爆雷の類は排除されていた可能性が高い。こうした武装の貧弱さ故にゴリアテは木帝のギリアム・イェーガーの駆るゲシュペンストの迎撃に失敗し、二度に渡る接近を許している。
無謀ともいえる重量増加は当然の事ながら推進力の低下を招き、これはフォールド航法が使用出来ない護衛艦隊との共同作戦であった事も災いして作戦スケジュール全体の遅滞を招いた一因ともなった。
また、両艦共に最初から特攻を目的としていた為、人員削減を目的とした高度なオートメーション化が為されているのも特徴である。その一例として有人の機銃座に代わりアークエンジェル級やGAT-X系列のMSに搭載されている全自動近接防御システム「イーゲルシュテルン」を装備している事が挙げられる。
（タイガーモスと交戦した大隊のモンティナ・マックス少佐は「本来の持ち主でない者によって動かされている」と指摘したが、おそらくこの事を指しているものと思われる）
ゴリアテは
銀河帝国、
議長軍、
ラクシズの助力を得て南極大陸への落下コースに入ったものの、銀帝でのシュウ・シラカワ博士らによる反乱の発生や機動巡洋艦「リリー・マルレーン」の介入もありその先の行動を阻まれ、最終的にリリー・マルレーン指揮下の真ゲッターロボの攻撃により一部ブロックが損壊。その超重量により自壊し、丁度トランスフォーメーション時の上半身と下半身に分かれる形で真っ二つに折れた艦体はそれぞれ大気圏に突入。排熱システムが破壊されていたため摩擦熱に耐え切れず、両断された艦は更に細かく粉砕され燃え尽きた。この時シラカワ博士と行動を共にした銀帝のバスターマシン「キャトフヴァンディス」が乗員の救助に当たっているが、艦長を始めとする71名のクルーは自らの意志で燃え尽きる艦に残留し運命を共にしている。
一方タイガーモスは上述したようにオペレーション・ノアの本隊として北極海に赴くも、大隊の潜水艦（タイフーン級と推測される）に発見され、緊急動員された大隊や有志部隊と交戦。損害は軽微に終わったものの、計画そのものが頓挫した事により急遽フォールドを使用し、戦場を離脱した。
後に第516話「再来の血戦」において、デストロンが持ち込んだゾンダーメタルに銀帝のデス・スターが取り込まれた際、近くを航行していたタイガーモスは乗員を退艦させた上で全自動操縦による特攻を試みたが失敗、ゾンダー化したデス・スターの破片に取り込まれた。ゾンダーはその後勇者新党・議長軍連合により機界原種（合体原種）を残して殲滅されており、タイガーモスもその際に喪失したと思われる。
