| ■上場■ | 1社 |
| ＜2004年９月１日＞ | |
| 株式会社サークルＫサンクス | |
| ■２部から所属変更（※はマザーズから）■ | 22社 |
| ＜2004年９月１日＞ | |
| インターニックス株式会社 | |
| 株式会社インボイス | （2011年４月30日廃止＝株式会社ＭＢＫＰ２が全部取得） |
| 株式会社エスケイジャパン | |
| 株式会社オーハシテクニカ | |
| サイバネットシステム株式会社 | |
| サンクス株式会社 | |
| 株式会社シモジマ | |
| 株式会社ハークスレイ | |
| 株式会社パイオラックス | |
| 株式会社フルキャスト | |
| 株式会社フージャースコーポレーション | |
| 亜細亜証券印刷株式会社 | |
| 藤倉ゴム工業株式会社 | |
| 株式会社角川ホールディングス | |
| 加藤産業株式会社 | |
| 日本インター株式会社 | （2010年８月１日～２部） |
| 日本金銭機械株式会社 | |
| 日本電産トーソク株式会社 | |
| 有機合成薬品工業株式会社 | |
| センチュリー・リーシング・システム株式会社 | |
| ＜2004年９月17日＞ | |
| 株式会社ピクセラ※ | |
| ＜2004年９月24日＞ | |
| 株式会社ドワンゴ※ | |
| ■２部に指定替え■ | 0社 |
| ■上場廃止■ | 6社 |
| 2004年９月24日 | トキコ株式会社＝＜合併・株式会社日立製作所へ＞ |
| 2004年９月27日 | サミー株式会社＝＜移転・セガサミーホールディングス株式会社へ＞ |
| 2004年９月27日 | 株式会社セガ＝＜移転・セガサミーホールディングス株式会社へ＞ |
| 2004年９月27日 | 株式会社福岡シティ銀行＝＜合併・株式会社西日本銀行へ＞ |
| 2004年９月27日 | 大陽東洋酸素株式会社＝＜合併・日本酸素株式会社へ＞ |
| 2004年９月27日 | 富士通サポートアンドサービス株式会社＝＜交換・富士通株式会社へ＞ |
| ■■2004年９月末上場企業■■ | 1579社 |
