| ■上場■ | 4社 |
| ＜2006年２月１日＞ | |
| 株式会社紀陽ホールディングス | |
| ＜2006年２月８日＞ | |
| 岩井証券株式会社 | |
| ＜2006年２月20日＞ | |
| 株式会社日伝 | |
| ＜2006年２月22日＞ | |
| 株式会社荘内銀行 | （2009年９月25日廃止＝株式会社フィデアホールディングスに株式移転） |
| ■２部から所属変更（※はマザーズから）■ | 4社 |
| ＜2006年２月１日＞ | |
| 株式会社サンエー | |
| 株式会社シー・ヴイ・エス・ベイエリア | |
| バンダイビジュアル株式会社 | （2008年２月15日廃止＝株式会社バンダイナムコホールディングスと株式交換） |
| 創建ホームズ株式会社 | （2008年９月27日廃止＝民事再生法適用申請） |
| ■２部に指定替え■ | 0社 |
| ■上場廃止■ | 2社 |
| 2006年２月23日 | コナミスポーツ株式会社＝＜交換・コナミ株式会社へ＞ |
| 2006年２月23日 | 株式会社タカラ＝＜合併・株式会社トミーへ＞ |
| ■■2006年２月末上場企業■■ | 1674社 |
