環境設定
一般

表示関連の設定です。
「コンピレーションをまとめる」はコンピレーションアルバムのアーティストをひとまとめにしてくれるのでチェックを入れた方が便利だと思います。
「Music Store へのリンク」は、曲名・アーティスト名などから関連の商品を見ることができます。
iPod - ミュージック
iPod - Podcast

すべて、選択した Podcast のみかを設定します。
アップデート内容を「最新のエピソードのみ」や「未再生のエピソードのみ」にも設定できます。
その他、写真、アドレスデータ・カレンダーを同期する場合はその設定もします。
Podcast
再生

サウンドエンハンサーは好みですが、音が歪むようでしたらレベルの調整が必要です。
イコライザでプリレベルを下げれば歪みが収まる場合もあります。
サウンドチェックも歪みが発生する場合があるので、必要に応じて設定します。
スマートシャッフルは、同じアーティストや、同じアルバムの複数の曲が連続して再生される可能性を設定できます。
ビデオを再生する場合は、フルスクリーンや、メインウィンドウなど、表示する場所を設定します。
共有

ネットワークでライブラリを共有したい場合はチェックを入れます。
Store

iTMS での購入方法を選びます。
1Click は便利ですが、誤操作や衝動買い対策にカートを使うのもいいかもしれません。
詳細 - 一般

外付け HDD などに Music フォルダを移動した時は、ここで場所を指定します。
ミニプレーヤーは、前面に表示しておくとすぐに操作できて便利です。
詳細 - 読み込み

CD 挿入時の動作の指定、読み込み方法の設定をします。
読み込み方法は、普通に iTunes と iPod で使うのであれば、AAC エンコーダでいいと思います。
ビットレートを上げれば音質は向上しますが、その分容量も大きくなりますので、iPod を使う場合など注意が必要です。 カスタム設定で VBR(バリアブルビットレート)が設定が可能ですが、これも音質は向上しますが容量も若干増えます。
レートが高いと iPod のバッテリーの減りも早まるようです。
AAC(Advanced Audio Coding)に対応していないプレーヤーを使うのであれば MP3 エンコーダなど適したものにします。
AIFF・Apple ロスレス・WAV は高音質ですが容量が大きいので、Mac からオーディオシステムにつないで再生するなどの用途向きでしょうか?
詳細 - 作成

CD 作成の設定です。
対応したドライブは、デバイスに表示されます。
フォーマットの設定は、再生するハードに合わせて指定します。
データ CD はバックアップ用途でしょうか。
ペアレンタル

コンピュータの管理者アクセス権を持っている場合は、Podcast、Muisc Store、音楽の共有を無効にできます。
単純に Podcast や iTMS を表示させたくない場合にも便利です。