第一部 ジョナサン・ジョースター －その青春－
19世紀末イギリスの貴族ジョースター卿は、命の恩人の息子ディオを養子とし、惜しみない援助を与えた。 だが、激しい上昇志向をもつディオは、卿の本当の息子で、同い年のジョナサンを押しのけ財産をのっとろうと計画。 二人の大学卒業直前、実行に移す。 卿に毒を持ったのだ。 父親の病気はディオの仕業と気づいたジョジョは、証拠と解毒剤を探しにロンドンの喰屍鬼街へ赴く。 追い詰められたディオは、古美術品の石の仮面を使って、ジョジョを殺そうと決意する。
第二部 ジョセフ・ジョースター －その誇り高き血統－
アメリカ、ニューヨーク。 ジョナサンの孫、ジョセフは、祖母、エリナジョースターとともにジョナサンの旧友、スピードワゴンの招きでイギリスから引越ししてきた。 そんな時「スピードワゴンが殺された」とのニュースが、飛び込んできた…！！
第三部 空条承太郎 －未来への遺産－
現代の日本。 ジョセフの孫、空条承太郎は、高校生である。 悪霊付きと思われていた彼の特殊な能力は「幽波紋（スタンド）」と呼ばれる超能力であった。 その悪影響により倒れた母、ホリィを救うため、そして、その元凶、悪の化身、ディオを倒すためにディオのいるエジプトに向かったジョジョ達だが…。
第四部 東方仗助－ロマンホラー！ －深紅の秘伝説－
1999年の日本。 平凡な地方都市、S市杜王町に承太郎は、やって来た。 杜王町に住む承太郎の叔父、東方仗助に会うためだ。 そして仗助もまた、スタンドを持っていた。 恐るべき事に杜王町にはディオのスタンド能力を引き出した「弓と矢」を使い、悪のスタンド使いをどんどん増やしている人間がいたのだった！！
第五部 ジョルノ・ジョバァーナ －黄金なる遺産－
2001年のイタリア。 広瀬康一がであった少年、ジョルノ・ジョバァーナはディオの息子だった。 ジョルノにはギャングになって、逆に街を浄化するという夢があった！！
第六部 空条徐倫－『石作りの海』
2011年のアメリカ。 空条徐倫は恋人、ロメオとドライブ中に人を撥ねてしまう。 悪徳弁護士とロメオに陥れられた徐倫に刑期15年の判決が下った。 州立グリーン・ドルフィン・ストリート刑務所に収監された徐倫だったが、すでに離婚している父親、承太郎から託されたペンダントを手にした時から、不思議な力が発動し始めていた…。 かくして囚人番号、FE40536として徐倫の監獄暮らしが始まった。 驚いたことに同室の女囚、グェスは徐倫が投げ捨てたペンダントを持っていた。 グェスのスタンド能力、「グーグー・ドールズ」で体を小さくされ、脱獄の下調べをやらされていた徐倫に凶悪な「グーグー・ドールズ」の本体が迫る！ しかし、その時、ついに徐倫のスタンドが目覚めた！
スティール・ボール・ラン
「スティール・ボール・ラン」レースとは太平洋「サンディエゴ」ビーチをスタートしゴールを「ニューヨーク」とする人類史上初の乗馬による北米大陸横断レースである！ 総距離約6,000km優勝賞金5千万ドル！！（60憶円） 世界各国から屈強の冒険者達が集い、その数は3600人を超えていた！
