În timpul mandatului său ca șef al Secțiunii a III-a a Departamentului al II-lea al Departamentului Ordinului Militar, s-a opus încheierii Acordului de Alianță Trilaterală Japonia-Germano-Italia, alături de Shozo Hashimoto, șeful Secțiunii a Patra a Departamentului II, chiar și deși majoritatea șefilor de secții în serviciu ai Departamentului Ordinului Militar erau în favoarea acordului. În perioada în care a fost șef de divizie a treia al Departamentului de comandă militară, care era responsabil cu planificarea armamentului naval, a avut o minte avansată și rațională, manifestând interes pentru radar. Cu toate acestea, nu a promovat dezvoltarea radarului și există voci care regretă acest punct.De asemenea, se știe că Shigezane Inoue a criticat planificarea armamentului a Departamentului Ordinului Militar ca fiind „prea de modă veche”, iar Yanagimoto era șeful responsabil cu planificarea armamentului care a fost criticat.Pe 6 octombrie 1941, chiar înainte de izbucnirea Războiului din Pacific, a fost numit comandant al portavionului Soryu și a participat la o serie de operațiuni, inclusiv operațiunea Hawaii, operațiunea de capturare a Insulei Wake și operațiunea Oceanului Indian. Cu toate acestea, în timpul bătăliei de la Midway, trei bombe aruncate de bombardierele militare americane au lovit Soryu, făcându-l să izbucnească în flăcări, chiar înainte ca nava să se scufunde, Yanagimoto a emis un ordin de a abandona nava, dar Yanagimoto însuși nu a vrut să abandoneze. corabia și am mers la pod am rămas în urmă și mi-am împărtășit soarta. A fost recunoscut ca fiind ucis în acțiune din cauza scufundării râului Soryu și a fost promovat contraamiral în anul următor când a fost anunțată moartea sa în acțiune. În plus, Tomio Kaku (contraamiral numit postum), căpitanul lui Hiryu, care a luptat din greu chiar și după ce a pierdut trei portavioane în această bătălie navală și a fost prăbușit mai târziu, a fost coleg la Colegiul Naval de Război (clasa 25 A) . (Tomoo Kaku a refuzat de asemenea să abandoneze nava, împreună cu comandantul Tamon Yamaguchi, împărtășindu-și soarta cu nava.)După ce toți membrii Soryu au primit ordin să părăsească nava, Yanagimoto a rămas singur pe pod. Se spune că locotenentul comandant Kusumoto, comandantul de zbor al Soryu, care coborise pe puntea de zbor și se pregătea să părăsească nava, a tot încercat să-l convingă pe căpitan să nu moară odată cu nava. Între timp, podul a luat foc și a început să ia foc. Cu toate acestea, Yanagimoto a refuzat cu încăpățânare să scuture din cap și, în cele din urmă, a suferit arsuri pe jumătate din corp din cauza flăcărilor. Într-o dilemă, Kusumoto a ordonat unui membru al echipajului care era familiarizat cu luptele de sumo să-l ia cu forță pe căpitan de pe pod. Cu toate acestea, când un membru al echipajului care se îndreptase spre pod prin flăcări s-a apropiat de Yanagimoto și i-a spus: `` Căpitane, am venit să te iau'', a strigat: ``Ce ești!'' și a aruncat un pumn de fier îngrozitor în capul membrului echipajului, forțându-l să părăsească nava. Echipajul nu a avut de ales decât să părăsească podul și să raporteze incidentul lui Kusumoto, care a renunțat în cele din urmă la încercarea de salvare. Se spune că Yanagimoto i-a văzut pe ultimii membri ai echipajului părăsind nava de pe pod și apoi a sărit pe pod, care a fost cuprins de flăcări, în timp ce scanda „Trăiască Dragonul Albastru”. Echipajul s-a uitat înapoi la Yanagimoto, care a rămas pe pod și a fost impresionat de apariția lui aprigă în infern.Ulterior a fost promovat la gradul de contraamiral prin promovare specială. Cartea lui Yanagimoto era pe cale să fie scrisă de descendenții săi, dar ultimul descendent a murit și cartea a rămas neterminată și pierdută.
