| № | タイトル | ステージ | 場所・条件 |
| 1 | オープニング | アポトス昼Act2 | 2Dステージ、X(PS3は□)推奨のジャンプセレクターの下 |
| 2 | 出会いと旅立ち | マズーリ夜Act1 | 2つのリフトを越えた先のやぐらの上 |
| 3 | スペシャルチョコサンデー | スパゴニア昼Act1 | 竪穴を落ちる途中 |
| 4 | 最初の夜 | チュンナン昼Act1 | 2回目の回転足場地帯２つ目の足場の右側 |
| 5 | テイルスピンチ！ | ホロスカ夜Act1 | 青い石が置いてある高台の隅にある雪だるまの中 |
| 6 | スパゴニアへ！ | マズーリ昼Act1 | 最初のポールを渡る所、スプリングの奥 |
| 7 | さらわれた教授 | スパゴニア夜Act1 | 黄色い石で開くゲート後、正面にある家の中 |
| 8 | 相変わらずの教授 | マズーリ昼Act1 | ラストの連続ポールの上空 |
| 9 | ガイア文書の謎 | ホロスカ昼Act1 | ボブスレー2回目、ジャンプ台使用で入手 |
| 10 | エッグマンとの再会 | チュンナンエントランス | 左2つ目の高台の裏 |
| 11 | 出現！エッグ･ビートル | チュンナン夜Act1 | ボスがいるフロアを左に行ったところにある高台の上 |
| 12 | 神殿入り口 | ホロスカ昼Act2 | 最後のトンネル |
| 13 | 神殿起動！ | スパゴニア夜Act1 | 左側にある青い扉の家の中 |
| 14 | 星のパーツ | チュンナンエントランス | 夜Act2の近く |
| 15 | テイルスの報告 | ホロスカ夜Act1 | 氷柱を超えて上に上った所にあるカマクラの中 |
| 16 | エミーの人違い | エンパイアシティ昼Act1 | 右側の太いパイプを渡った先右側 |
| 17 | 夜中のダンス | ― | ブレンダのミッションを全て終わらせる |
| 18 | エミー救出 | マズーリショップ | ― |
| 19 | 聖獣 | チュンナンショップ | ― |
| 20 | 鍵 | ホロスカ夜Act1 | 最後の落ちていく足場地帯からのショートカット先、崖下の敵がいるフロア |
| 21 | チュンナンの神殿 | エンパイアシティ昼Act2 | 2連ビートルの後の直線一番手前 |
| 22 | 正気 | スパゴニアショップ | ― |
| 23 | 思いついたエッグマン | ホロスカ夜Act1 | 2回目のスライダー途中にある足場の上 |
| 24 | スパゴニア神殿起動！ | ― | サイイドのミッションを全て終わらせる |
| 25 | 誘導電波 | シャマールエントランス | スイッチを作動させて空ける扉の中 |
| 26 | 氷上の魔物 | エンパイアシティ昼Act1 | ストンプでガラスを割るショートカットの途中 |
| 27 | ホロスカの神殿 | アダバタ夜Act2 | 最後の連戦手前の高台から手前に跳んだ所 |
| 28 | ダークガイア･プロジェクト | シャマール昼Act1 | 2Dステージ後の直角カーブの一番外側の塔の裏 |
| 29 | シャマール神殿起動！ | アダバタ昼Act3 | 白い回転棘の左、2体のエッグファイターの間 |
| 30 | チップの異変 | アダバタショップ | ― |
| 31 | チップの記憶 | シャマールショップ | ― |
| 32 | 理由なんているのかい？ | アダバタショップ | ― |
| 33 | 愛と野望のエッグマンランド | エンパイアシティショップ | ― |
| 34 | 最後の神殿 | アダバタショップ | ― |
| 35 | 7つ目のパーツ | シャマールショップ | ― |
| 36 | おめでとうチップ | エッグマンランドショップ | ― |
| 37 | 教授からの通信 | アダバタショップ | ― |
| 38 | 最終兵器エッグ・ドラグーン | シャマールショップ | ― |
| 39 | 崩落する大地 | エッグマンランドショップ | ― |
| 40 | ダークガイア出現 | エンパイアシティショップ | ― |
| 41 | 飛び立つ神殿 | エンパイアシティショップ | ― |
| 42 | 目覚めの時 | シャマールショップ | ― |
| 43 | 突進！ | アダバタショップ | ― |
| 44 | クライマックスと行こうか！ | エンパイアシティショップ | ― |
| 45 | 空に広がる闇 | エッグマンランド | ― |
| 46 | 闇に包まれる世界 | チュンナンショップ | ― |
| 47 | 絶望と希望 | ホロスカショップ | ― |
| 48 | 最終形態 | シャマールショップ | ― |
| 49 | 光と闇 | エンパイアシティショップ | ― |
| 50 | 消滅 | アダバタショップ | ― |
| 51 | 決着 | エッグマンランドショップ | ― |
| 52 | 取り戻された光 | ― | 教授に全てのお土産を渡す |
| 53 | 野望ハマタイチカラ | エンパイアシティショップ | ― |
| 54 | 難しい話はあとで | エッグマンランドショップ | ― |
| 55 | 地上へ | ホロスカショップ | ― |
| 56 | そばにいるから | エッグマンランドショップ | ― |
| 57 | ソニックとチップ（チュンナンにて） | ― | チップの友好度が最大のときにチュンナンの食べ物を食べさせる |
| 58 | ソニックとチップ（ホロスカにて） | ― | チップの友好度が最大のときにホロスカの食べ物を食べさせる |
| 59 | ソニックとチップ（アダバタにて） | ― | チップの友好度が最大のときにアダバタの食べ物を食べさせる |
