| ■上場■ | 3社 |
| ＜2005年９月１日＞ | |
| 株式会社セブン＆アイ・ホールディングス | |
| ＜2005年９月28日＞ | |
| 第一三共株式会社 | |
| ＜2005年９月29日＞ | |
| 株式会社バンダイナムコホールディングス | |
| ■２部から所属変更（※はマザーズから）■ | 15社 |
| ＜2005年９月１日＞ | |
| 株式会社イチネン | |
| 株式会社エフピコ | |
| シミック株式会社 | |
| 株式会社シンプレクス・テクノロジー | |
| 株式会社ファルコバイオシステムズ | |
| ユニプレス株式会社 | |
| ユニ・チャームペットケア株式会社 | （2010年７月25日廃止＝ユニ・チャーム株式会社に合併） |
| 福島工業株式会社 | |
| 白銅株式会社 | |
| 興銀リース株式会社 | |
| 株式会社オートセブン | |
| 前澤給装工業株式会社 | |
| 東洋機械金属株式会社 | |
| ＜2005年９月21日＞ | |
| マネックス・ビーンズ・ホールディングス株式会社※ | |
| ＜2005年９月26日＞ | |
| 株式会社ドリームインキュベータ※ | |
| ■２部に指定替え■ | 0社 |
| ■上場廃止■ | 10社 |
| 2005年９月21日 | 第一製薬株式会社＝＜移転・第一三共株式会社へ＞ |
| 2005年９月21日 | 三共株式会社＝＜移転・第一三共株式会社へ＞ |
| 2005年９月27日 | 株式会社ユーエフジェイホールディングス＝＜合併・株式会社三菱東京フィナンシャル・グループへ＞ |
| 2005年９月27日 | ユーエフジェイつばさ証券株式会社＝＜合併・三菱証券株式会社へ＞ |
| 2005年９月27日 | 三菱化学株式会社＝＜移転・株式会社三菱ケミカルホールディングスへ＞ |
| 2005年９月27日 | 三菱ウェルファーマ株式会社＝＜移転・株式会社三菱ケミカルホールディングスへ＞ |
| 2005年９月27日 | 大隈豊和機械株式会社＝＜交換・オークマ株式会社へ＞ |
| 2005年９月27日 | 日本建鐵株式会社＝＜交換・三菱電機株式会社へ＞ |
| 2005年９月28日 | 株式会社ナムコ＝＜移転・株式会社バンダイナムコホールディングスへ＞ |
| 2005年９月28日 | 株式会社バンダイ＝＜移転・株式会社バンダイナムコホールディングスへ＞ |
| ■■2005年９月末上場企業■■ | 1655社 |
