| 駅名 | 発車番線 | 備考 |
| 東京 | 東京駅発車番線(JC01) | |
| 神田 | 神田駅発車番線(JC02) | |
| 御茶ノ水 | 全列車同じホームを使用 | |
| 四ツ谷 | 全列車同じホームを使用 | |
| 新宿 | 新宿駅発着番線(JC05) | |
| 中野 | 中野駅発着番線(JC06) | |
| 高円寺 | 全列車同じホームを使用 | 土日祝は快速系統全列車通過 |
| 阿佐ヶ谷 | 全列車同じホームを使用 | 土日祝は快速系統全列車通過 |
| 荻窪 | 全列車同じホームを使用 | |
| 西荻窪 | 全列車同じホームを使用 | 土日祝は快速系統全列車通過 |
| 高円寺 | 全列車同じホームを使用 | |
| 三鷹 | 三鷹駅発着番線(JC12) | |
| 武蔵境 | 全列車同じホームを使用 | |
| 東小金井 | 東小金井駅発着番線(JC14) | |
| 武蔵小金井 | 武蔵小金井駅発着番線(JC15) | |
| 国分寺 | 国分寺駅発着番線(JC16) | |
| 西国分寺 | 全列車同じホームを使用 | |
| 国立 | 国立駅発着番線(JC18) | |
| 立川 | 立川駅発車番線(JC19) | |
| 日野 | 全列車同じホームを使用 | |
| 豊田 | 豊田駅発着番線(JC21) | |
| 八王子 | 八王子駅発着番線(JC22) | |
| 西八王子 | 全列車同じホームを使用 | |
| 高尾 | 高尾駅発着番線(JC24) |
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