ある日、いつものようにドラえもんに泣きついてきたのび太。
スネ夫が持っていた恐竜の化石を自慢されていたのび太だったが、その化石をよく見せてもらおうとして、
ジャイアンともみくちゃになり、落とした化石が車にひかれて粉々になってしまったのだ。
責任をとらされる事になったのび太は、「スネ夫に四次元ポケットを預ける」という条件付きでドラえもんと共に原始時代へ化石を探しに向かう。
そこで出会った未来人の青年・ジェロ。
ドラえもんとのび太は彼から、4つ集めると歴史を改変できてしまうという「時の宝玉」を未来の犯罪組織「ジョーカー団」が発掘している事を知る。
もし時の宝玉が４つ全部ジョーカー団の手に渡ってしまえば、歴史は全てジョーカー団のボス・ダウトの思いのままになってしまうという。
ジョーカー団を止めるため、ドラえもん達は時空を超えた冒険に旅立つ。
| 曲名 | 補足 | 順位 |
| ドラえもんのうた | タイトル | |
| ファイルセレクト | ||
| プロローグ | ||
| タイムマシン | ||
| 原始時代 | エリア1 ドラえもんのうたアレンジ |
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| 西部の町 | エリア2 | |
| 未来の国 | エリア3 | |
| 家の中 | ||
| のび太の町 | ||
| お風呂 | しずかちゃんイベント | |
| タケコプター | ||
| 中ボス | ||
| ボス | SFC122位 マイナーゲーム15位 | |
| イベント | ||
| アトランチス | エリア4 | |
| 荒廃した未来 | エリア5 | |
| ラストバトル | ||
| エピローグ | ラスボス戦後のイベント | |
| エンディング | スタッフロール | |
| ゲームオーバー |
