| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| NEO CONTRA | 藤森崇多 | オープニングムービー Lyrics:Jason Enos/Vocal:Paula Terry |
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| Trush Head | オプション画面 | ||
| Safety First | ミッション01 シーン1 | ||
| Electro Mechanism | VSゲリラCONTRA | ||
| Perfect Zone | ミッション01 シーン2 | ||
| Open Your Mind | VSプラントCONTRA | ||
| Abstruction | ミッション05 シーン2 | ||
| Violator | VSアニマルCONTRA | ||
| Ranking | リザルト画面 | ||
| Heaven's Beat | ミッション05 シーン1 | ||
| Nuclear | ミッション02 シーン2 | ||
| Nu Metal | ミッション03 シーン1 | ||
| Acid NRG | ミッション03 シーン2 | ||
| Drum 'n' Boss | VSフェロモンCONTRA | ||
| True Last Boss | 真ボス 真魂斗羅の「A TRUE LAST BOSS」のアレンジ |
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| Dictator | ゲリラCONTRAとの会話 | ||
| Mystery G | ミステリーGとの会話 | ||
| Bad Girl | フェロモンCONTRAとの会話1 | ||
| Lucia | フェロモンCONTRAとの会話2 | ||
| Animal Contra | アニマルCONTRAとの会話 | ||
| Master of the Universe | マスターCONTRAとの会話3 | ||
| The Time Is Upon Us | |||
| 101 | VSミステリーG | ||
| Master Contra | マスターCONTRAとの会話1 | ||
| Metamorphosis | マスターCONTRAとの会話4 | ||
| Whale | エンディングムービー | ||
| サントラ未収録曲(曲名は暫定) | |||
| Title | タイトル画面 | ||
| Select | セレクト画面 | ||
| Stage Clear | ステージクリア | ||
| BATTLE TRAIN Rimix | ミッション02 シーン1 真魂斗羅の「BATTLE TRAIN」のアレンジ |
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| Plant Contra | プラントCONTRAとの会話 | ||
| Mission04 Scene1 | ミッション04 シーン1 | ||
| JUNGLE JUNCTURE Rimix | ミッション04 シーン2 スーパー魂斗羅の「JUNGLE JUNCTURE」のアレンジ |
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| Mission05 Scene3 | ミッション05 シーン3 | ||
| Mission05 Boss | ミッション05 ボス | ||
| Mission06 | ミッション06 | ||
| LANCE LULLABY Rimix | マスターCONTRAとの会話2 真魂斗羅の「LANCE LULLABY」のアレンジ |
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| VS Master Contra | VSマスターCONTRA | ||
| Last Boss | ラストボス | ||
| Staff Roll | スタッフロール | ||
