| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| THIS ILLUSION | NUMBER 201 | 歌：M.H. オープニングテーマ（Win版） |
第13回947位 |
| into the night | KATE | タイトル・メニュー | |
| 日差しの中で | KATE | ||
| 穏やかな毎日 | KATE | ||
| 優しい風景 | James Harris | ||
| 茜色の街 | KATE | ||
| 笑顔に囲まれて | James Harris | ||
| 二人の時間 | James Harris | ||
| 真夜中の狭間 | James Harris | ||
| 運命の渦 | KATE | ||
| 激突する魂 | KATE | サーヴァント戦 | |
| 悪夢 | KATE | ||
| 突破口 | James Harris | ||
| THIS ILLUSION (inst.) | NUMBER 201 | ||
| 彷徨う影 | James Harris | ||
| 約束された勝利の剣 | KATE | 「エクスカリバー」発動時 | 夜201位 |
| 消えない想い | KATE | ||
| 疾風の剣士 | KATE | アサシンのテーマ | |
| 追憶の彼方 | KATE | ||
| 破滅の足音 | James Harris | ||
| 黄金の王 | James Harris | 黄金のサーヴァントのテーマ | |
| エミヤ | James Harris | 各ルート最終決戦など | 第4回292位 第6回555位 第7回445位 第8回232位 第9回189位 第11回364位 第13回287位 第14回628位 第16回960位 パソコンゲーム34位 2000年～2007年232位 |
| 光と闇 | KATE | ||
| この世全ての悪 | KATE | 「丘の上の教会」アレンジ | |
| THIS ILLUSION (piano ver.) | NUMBER 201 | ピアノ189位 | |
| 新たな夜明け | NUMBER 201 | ||
| 移りゆく季節 | KATE | エンディング（セイバールート） | |
| days | NUMBER 201 | 歌：CHINO エンディング（桜ルート） |
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| EMIYA #0 収録曲 | |||
| Extra | ステータス画面 | ||
| 静かなる声 | |||
| 運命の渦2 | |||
| 丘の上の教会 | 言峰教会 | ||
| 今日の食卓 | |||
| 抱擁2 | |||
| 嵐の予感 | |||
| 求め合う心 | |||
| 抱擁 | |||
| ローレライ | イリヤスフィールのテーマ | ||
| 新たな夜明け2 | |||
| 移りゆく季節2 | エンディング（凜ルート） | ||
| Fate/stay night [Realta Nua] 追加曲 | |||
| 黄金の輝き | KATE | 歌：Number 201 feat.MAKI オープニングテーマ（PS2版） |
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| 深き眠り | hil | ||
| うららかな調べ | |||
| トラブルメーカーズ | |||
| 心のチャイム | |||
| タイガー道場のテーマ | hil | タイガー道場 | |
| Diver | |||
| Diver2 | |||
| 対峙 | |||
| Burst Up | |||
| 根源の龍 | |||
| 蘇る神話 | |||
| Sonic Barrage | |||
| 魔刻 | hil | ||
| 侵食 | |||
| 侵食2 | |||
| 神の名のもとに | 言峰綺礼のテーマ | ||
| Mighty Wind | hil | 第11回776位 | |
| 約束された勝利の剣 (Black Saber mix) | セイバーオルタ「エクスカリバー」発動時 | ||
| 二人の王 | |||
| 最後の力 | |||
| Sorrow | hil | 夜172位 | |
| Blue Sky | |||
| 移りゆく季節 (Realta Nua ver.) | エンディングテーマ | ||
| 夢の終わり | |||
| Link | KATE | 歌：Number 201 feat.rhu エンディングテーマ（PS2版） |
第2回エンディング171位 |
| PSV版 追加曲 | |||
| ARCADIA | 齋藤真也 | 歌：earthmind オープニングテーマ（セイバールート） |
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| HORIZON | 齋藤真也 | 歌：earthmind オープニングテーマ（凛ルート） |
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| Another Heaven | 齋藤真也 | 歌：earthmind オープニングテーマ（桜ルート） |
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| EMIYA #LEGACY | 鴇沢直 | ||
| Unite～Fate/stay night [Realta Nua] Suite | 深澤秀行 鴇沢直 山之内貴子 |
本編楽曲のメドレー | |
