| 話数 | サブタイトル | 季節 | 雑誌連載号 | 単行本 収録巻 |
原作収録巻 | 備考 |
| 第1話 | 涼宮ハルヒの憂鬱Ⅰ | 4-5月 | 2005年11月号 | 1巻 | 涼宮ハルヒの憂鬱（1巻） | 雑誌1,2話連続掲載 |
| 第2話 | 涼宮ハルヒの憂鬱Ⅱ | 4-5月 | 2005年11月号 | 1巻 | 涼宮ハルヒの憂鬱（1巻） | 雑誌1,2話連続掲載 |
| 第3話 | 涼宮ハルヒの憂鬱Ⅲ | 4-5月 | 2005年12月号 | 1巻 | 涼宮ハルヒの憂鬱（1巻） | |
| 第4話 | 涼宮ハルヒの憂鬱Ⅳ | 4-5月 | 2006年1月号 | 1巻 | 涼宮ハルヒの憂鬱（1巻） | |
| 第5話 | 涼宮ハルヒの憂鬱Ⅴ | 4-5月 | 2006年2月号 | 1巻 | 涼宮ハルヒの憂鬱（1巻） | |
| 第6話 | 涼宮ハルヒの憂鬱Ⅵ | 4-5月 | 2006年3月号 | 2巻 | 涼宮ハルヒの憂鬱（1巻） | |
| 第7話 | 涼宮ハルヒの憂鬱Ⅶ | 4-5月 | 2006年5月号 | 2巻 | 涼宮ハルヒの憂鬱（1巻） | |
| 第8話 | 涼宮ハルヒの憂鬱Ⅷ | 4-5月 | 2006年6月号 | 2巻 | 涼宮ハルヒの憂鬱（1巻） | |
| 第9話 | 涼宮ハルヒの憂鬱Ⅸ | 4-5月 | 2006年7月号 | 2巻 | 涼宮ハルヒの憂鬱（1巻） | 以下C/Dがアニメ調 |
| 第10話 | 涼宮ハルヒの退屈Ⅰ | 6月 | 2006年8月号 | 3巻 | 涼宮ハルヒの退屈（3巻） | |
| 第11話 | 涼宮ハルヒの退屈Ⅱ | 6月 | 2006年9月号 | 3巻 | 涼宮ハルヒの退屈（3巻） | |
| 第12話 | ノウイング・ミー、ノウイング・ユー | 6月 | 2006年10月号 | 3巻 | なし（漫画オリジナル） | |
| - | 涼宮ハルヒの番外(CASE1,CASE2,CASE3,CASE4) | - | - | - | - | 涼宮ハルヒの 公式に収録 |
| 第13話 | 笹の葉ラプソディⅠ | 7月 | 2006年11月号 | 3巻 | 涼宮ハルヒの退屈（3巻） | |
| 第14話 | 笹の葉ラプソディⅡ | 7月 | 2006年12月号 | 3巻 | 涼宮ハルヒの退屈（3巻） | |
| 第15話 | ミステリックサインⅠ | 7月 | 2007年1月号 | 4巻 | 涼宮ハルヒの退屈（3巻） | |
| 第16話 | ミステリックサインⅡ | 7月 | 2007年2月号 | 4巻 | 涼宮ハルヒの退屈（3巻） | |
| 第17話 | ミステリックサインおかわり | 8月 | 2007年3月号 | 4巻 | なし（漫画オリジナル） | 原作で一部示唆あり |
| 第18話 | 孤島症候群Ⅰ | 8月 | 2007年4月号 | 4巻 | 涼宮ハルヒの退屈（3巻） | |
| 第19話 | 孤島症候群Ⅱ | 8月 | 2007年5月号 | 4巻 | 涼宮ハルヒの退屈（3巻） | |
| 第20話 | エンドレスエイトⅠ | 8月 | 2007年6月号 | 5巻 | 涼宮ハルヒの暴走（5巻） | |
| 第21話 | エンドレスエイトⅡ | 8月 | 2007年7月号 | 5巻 | 涼宮ハルヒの暴走（5巻） | |
| 番外編 | 野良猫シャミセンの人生観 | 8月 | アサルトSUMMER号 | 5巻 | なし（漫画オリジナル） | |
| 第22話 | ゲット・イン・ザ・リング | 10月 | 2007年8月号 | 5巻 | なし（漫画オリジナル） | 原作で一部示唆あり |
| 第23話 | 涼宮ハルヒの溜息Ⅰ | 11月 | 2007年9月号 | 5巻 | 涼宮ハルヒの溜息（2巻） | |
| 第24話 | 涼宮ハルヒの溜息Ⅱ | 11月 | 2007年10月号 | 5巻 | 涼宮ハルヒの溜息（2巻） | |
| 第25話 | 涼宮ハルヒの溜息Ⅲ | 11月 | 2007年11月号 | 6巻 | 涼宮ハルヒの溜息（2巻） | |
| 第26話 | 涼宮ハルヒの溜息Ⅳ | 11月 | 2007年12月号 | 6巻 | 涼宮ハルヒの溜息（2巻） | |
| 第27話 | 涼宮ハルヒの溜息Ⅴ | 11月 | 2008年1月号 | 6巻 | 涼宮ハルヒの溜息（2巻） | |
| 番外編 | ショー・マスト・ゴー・オン | 11月 | アサルトWINTER号 | 6巻 | なし（漫画オリジナル） | 妹が文化祭に来る |
| 第28話 | ライブアライブ | 11月 | 2008年2月号 | 6巻 | 涼宮ハルヒの動揺（6巻） | |
| 第29話 | テイルズ・フロム・ザ・サウザンド・レイクス | 11月 | 2008年3月号 | 6巻 | なし（漫画オリジナル） | ピクニックへ |
| 第30話 | 射手座の日Ⅰ | 11月 | 2008年4月号 | 7巻 | 涼宮ハルヒの暴走（5巻） | |
| 第31話 | 射手座の日Ⅱ | 11月 | 2008年5月号 | 7巻 | 涼宮ハルヒの暴走（5巻） | |
| 番外編 | 射手座の後日 | 11月 | アサルトSPRING号 | 7巻 | なし（漫画オリジナル） | 射手座の後日談 |
| 第32話 | 涼宮ハルヒの消失～第一章～ | 12月 | 2008年6月号 | 7巻 | 涼宮ハルヒの消失（4巻） | 原作P5-P31まで |
| 第33話 | 涼宮ハルヒの消失～第二章～ | 12月 | 2008年7月号 | 7巻 | 涼宮ハルヒの消失（4巻） | 原作のP47まで |
| 番外編 | シンデレラストーリーは突然に | - | アサルトSUMMER号 | 8巻 | なし（漫画オリジナル） | パラレル番外編I |
| 第34話 | 涼宮ハルヒの消失～第三章～ | 12月 | 2008年8月号 | 7巻 | 涼宮ハルヒの消失（4巻） | 原作のP68まで |
| 第35話 | 涼宮ハルヒの消失～第四章～ | 12月 | 2008年9月号 | 8巻 | 涼宮ハルヒの消失（4巻） | 原作のP94まで |
| 第36話 | 涼宮ハルヒの消失～第五章～ | 12月 | 2008年10月号 | 8巻 | 涼宮ハルヒの消失（4巻） | 原作のP116まで |
| 番外編 | みくるンダラー・ベイビー | - | アサルトAUTUMN号 | 8巻 | なし（漫画オリジナル) | パラレル番外編II |
| 第37話 | 涼宮ハルヒの消失～第六章～ | 12月 | 2008年11月号 | 8巻 | 涼宮ハルヒの消失（4巻） | 原作のP146まで |
| 第38話 | 涼宮ハルヒの消失～第七章～ | 12月 | 2008年12月号 | 8巻 | 涼宮ハルヒの消失（4巻） | 原作のP167まで |
| 第39話 | 涼宮ハルヒの消失～第八章～ | 12月 | 2009年1月号 | 9巻 | 涼宮ハルヒの消失（4巻） | 原作のP192まで |
| 番外編 | 明治三十八年からの電信ありき、 本日天気晴朗なれど波高し |
- | アサルトWINTER号 | 9巻 | なし（漫画オリジナル) | パラレル番外編III |
| 第40話 | 涼宮ハルヒの消失～第九章～ | 12月 | 2009年2月号 | 9巻 | 涼宮ハルヒの消失（4巻） | 原作のP211まで |
| 第41話 | 涼宮ハルヒの消失～第十章～ | 12月 | 2009年3月号 | 9巻 | 涼宮ハルヒの消失（4巻） | 原作のP224まで |
| 第42話 | 涼宮ハルヒの消失～最終章～ | 12月 | 2009年4月号 | 9巻 | 涼宮ハルヒの消失（4巻） | 原作4巻最後まで |
| 番外編 | 涼宮ハルヒの消失～エピローグ～ | 12月 | アサルトSPRING号 | 9巻 | なし（漫画オリジナル） | 鍋パーティー |
| 第43話 | ヒトメボレLOVERⅠ | 12月 | 2009年5月号 | 10巻 | 涼宮ハルヒの動揺（6巻） | |
| 第44話 | ヒトメボレLOVERⅡ | 12月 | 2009年6月号 | 10巻 | 涼宮ハルヒの動揺（6巻） | |
| 第45話 | ヒトメボレLOVERⅢ | 12月 | 2009年7月号 | 10巻 | 涼宮ハルヒの動揺（6巻） | |
| 第46話 | 雪山症候群Ⅰ | 12月 | 2009年8月号 | 10巻 | 涼宮ハルヒの暴走（5巻） | 原作P183-P226 |
| 第47話 | 雪山症候群Ⅱ | 12月 | 2009年9月号 | 10巻 | 涼宮ハルヒの暴走（5巻） | 原作P227-P264 |
| 第48話 | 雪山症候群Ⅲ | 12月 | 2009年10月号 | 11巻 | 涼宮ハルヒの暴走（5巻） | 原作P265-P301 |
| 第49話 | 雪山症候群Ⅳ | 12月 | 2009年11月号 | 11巻 | 涼宮ハルヒの暴走（5巻） | 原作P301-P323 |
| 第50話 | 猫はどこにいった？Ⅰ | 12月 | 2009年12月号 | 11巻 | 涼宮ハルヒの動揺（6巻） | 原作P187-P217 |
| 第51話 | 猫はどこにいった？Ⅱ | 12月 | 2010年1月号 | 11巻 | 涼宮ハルヒの動揺（6巻） | 原作P217-P241 |
| 第52話 | レッドデータ・エレジー | 1月 | 2010年2月号 | 11巻 | なし（漫画オリジナル） | 引き続き雪山滞在 |
| 第53話 | 涼宮ハルヒの消失・アナザーデイ | 1月 | 2010年3月号 | 12巻 | 涼宮ハルヒの陰謀（7巻） | 原作P7-P36 |
| 第54話 | 朝比奈みくるの憂鬱Ⅰ | 1月 | 2010年4月号 | 12巻 | 涼宮ハルヒの動揺（6巻） | 原作P242-P275 |
| 第55話 | 朝比奈みくるの憂鬱Ⅱ | 1月 | 2010年5月号 | 12巻 | 涼宮ハルヒの動揺（6巻） | 原作P275-P297 |
| 第56話 | 編集長★一直線!Ⅰ | 3月 | 2010年6月号 | 12巻 | 涼宮ハルヒの憤慨（8巻） | 原作P5-P42 |
| 第57話 | 編集長★一直線!Ⅱ | 3月 | 2010年7月号 | 12巻 | 涼宮ハルヒの憤慨（8巻） | 原作P42-P67,P72 |
| 第58話 | 編集長★一直線!Ⅲ | 3月 | 2010年8月号 | 13巻 | 涼宮ハルヒの憤慨（8巻） | 原作P72-P100,109 |
| 第59話 | 編集長★一直線!Ⅳ | 3月 | 2010年9月号 | 13巻 | 涼宮ハルヒの憤慨（8巻） | 原作P101-P139 |
| 第60話 | 編集長★一直線!Ⅴ | 3月 | 2010年10月号 | 13巻 | 涼宮ハルヒの憤慨（8巻） | 原作P139-P162 |
| 第61話 | 毒々ハウスへようこそ | 3月 | 2010年11月号 | 13巻 | なし（漫画オリジナル） | 編集長一直線派生話 |
| 第62話 | 涼宮ハルヒの陰謀Ⅰ | 2月 | 2010年12月号 | 13巻 | 涼宮ハルヒの陰謀(7巻) | 原作P38-P65 |
| 第63話 | 涼宮ハルヒの陰謀Ⅱ | 2月 | 2011年1月号 | 14巻 | 涼宮ハルヒの陰謀(7巻) | 原作P65-P107 |
| 第64話 | 涼宮ハルヒの陰謀Ⅲ | 2月 | 2011年2月号 | 14巻 | 涼宮ハルヒの陰謀(7巻) | 原作P107-P135 |
| 第65話 | 涼宮ハルヒの陰謀IV | 2月 | 2011年3月号 | 14巻 | 涼宮ハルヒの陰謀(7巻) | 原作P135-P162 |
| 第66話 | 涼宮ハルヒの陰謀V | 2月 | 2011年4月号 | 14巻 | 涼宮ハルヒの陰謀(7巻) | 原作P162-P207 |
| 第67話 | 涼宮ハルヒの陰謀VI | 2月 | 2011年5月号 | 14巻 | 涼宮ハルヒの陰謀(7巻) | 原作P207-P254 |
| 第68話 | 涼宮ハルヒの陰謀VII | 2月 | 2011年6月号 | 15巻 | 涼宮ハルヒの陰謀(7巻) | 原作P254-P297 |
| 第69話 | 涼宮ハルヒの陰謀VIII | 2月 | 2011年7月号 | 15巻 | 涼宮ハルヒの陰謀(7巻) | 原作P297-P335 |
| 第70話 | 涼宮ハルヒの陰謀IX | 2月 | 2011年8月号 | 15巻 | 涼宮ハルヒの陰謀(7巻) | 原作P335-P364 |
| 第71話 | 涼宮ハルヒの陰謀X | 2月 | 2011年9月号 | 15巻 | 涼宮ハルヒの陰謀(7巻) | 原作P365-P399 |
| 第72話 | 涼宮ハルヒの陰謀XI | 2月 | 2011年10月号 | 15巻 | 涼宮ハルヒの陰謀(7巻) | 原作P399-P427 |
| 第73話 | ワンダリングシャドウI | 3月 | 2011年11月号 | 16巻 | 涼宮ハルヒの憤慨(8巻) | 原作P163-P227 |
| 第74話 | ワンダリングシャドウII | 3月 | 2011年12月号 | 16巻 | 涼宮ハルヒの憤慨(8巻) | 原作P228-P266 |
| 第75話 | ワンダリングシャドウIII | 3月 | 2012年1月号 | 16巻 | 涼宮ハルヒの憤慨(8巻) | 原作P266-P296 |
| 第76話 | 涼宮ハルヒの分裂I | 4月 | 2012年2月号 | 16巻 | 涼宮ハルヒの分裂(9巻) | 原作P5-70 |
| 第77話 | 涼宮ハルヒの分裂II | 4月 | 2012年3月号 | 16巻 | 涼宮ハルヒの分裂(9巻) | 原作P70-P100 |
| 第78話 | 涼宮ハルヒの分裂III | 4月 | 2012年4月号 | 17巻 | 涼宮ハルヒの分裂(9巻) | 原作P101-P156 |
| 第79話 | 涼宮ハルヒの分裂IV | 4月 | 2012年5月号 | 17巻 | 涼宮ハルヒの分裂(9巻) | 原作P156-P169 P172-P173 P175-204 |
| 第80話 | 涼宮ハルヒの分裂V | 4月 | 2012年6月号 | 17巻 | 涼宮ハルヒの分裂(9巻) | 原作P169-P172 P173-P175 P204-P235 P252-253 |
| 第81話 | 涼宮ハルヒの分裂VI | 4月 | 2012年7月号 | 17巻 | 涼宮ハルヒの分裂(9巻) | P235-251 P254-P295まで |
| 第82話 | 涼宮ハルヒの驚愕I | 4月 | 2012年8月号 | 17巻 | 涼宮ハルヒの分裂(9巻) 涼宮ハルヒの驚愕(前/10巻) |
原作:分P294－P295 驚P5-P40 |
| 第83話 | 涼宮ハルヒの驚愕II | 4月 | 2012年9月号 | 18巻 | 涼宮ハルヒの驚愕（前/10巻） | 原作P40-P60 |
| 第84話 | 涼宮ハルヒの驚愕III | 4月 | 2012年10月号 | 18巻 | 涼宮ハルヒの驚愕（前/10巻） | 原作P60-P102 |
| 第85話 | 涼宮ハルヒの驚愕IV | 4月 | 2012年11月号 | 18巻 | 涼宮ハルヒの驚愕（前/10巻） | 原作P102-P149 |
| 第86話 | 涼宮ハルヒの驚愕V | 4月 | 2012年12月号 | 18巻 | 涼宮ハルヒの驚愕（前/10巻） | 原作P149-P169 |
| 第87話 | 涼宮ハルヒの驚愕VI | 4月 | 2013年1月号 | 18巻 | 涼宮ハルヒの驚愕（前/10巻） | 原作P169-P227 |
| 第88話 | 涼宮ハルヒの驚愕VII | 4月 | 2013年2月号 | 19巻 | 涼宮ハルヒの驚愕（前/10巻） | 原作P227-P282 |
| 第89話 | 涼宮ハルヒの驚愕VIII | 4月 | 2013年3月号 | 19巻 | 涼宮ハルヒの驚愕（前/10巻） 涼宮ハルヒの驚愕(後/11巻) |
原作：驚愕前P282-P295 驚後5P-51P |
| 第90話 | 涼宮ハルヒの驚愕IX | 4月 | 2013年4月号 | 19巻 | 涼宮ハルヒの驚愕(後/11巻) | 原作P51-P93 |
| 第91話 | 涼宮ハルヒの驚愕X | 4月 | 2013年5月号 | 19巻 | 涼宮ハルヒの驚愕(後/11巻) | 原作P93-P139 |
| 第92話 | 涼宮ハルヒの驚愕XI | 4月 | 2013年6月号 | 19巻 | 涼宮ハルヒの驚愕(後/11巻) | 原作P139-P169 |
| 第93話 | 涼宮ハルヒの驚愕XII | 4月 | 2013年7月号 | 20巻 | 涼宮ハルヒの驚愕(後/11巻) | 原作P170-P192 |
| 第94話 | 涼宮ハルヒの驚愕XIII | 4月 | 2013年8月号 | 20巻 | 涼宮ハルヒの驚愕(後/11巻) | 原作P192-P221 |
| 第95話 | 涼宮ハルヒの驚愕XIV | 4月 | 2013年9月号 | 20巻 | 涼宮ハルヒの驚愕(後/11巻) | 原作P222-P241 |
| 第96話 | 涼宮ハルヒの驚愕XV | 4月 | 2013年10月号 | 20巻 | 涼宮ハルヒの驚愕(後/11巻) | 原作P241-P265 |
| 第97話 | 涼宮ハルヒの驚愕XVI | 4月 | 2013年11月号 | 20巻 | 涼宮ハルヒの驚愕(後/11巻) | 原作P265-P281 驚愕編完結＆第一部完 |
| 番外編 | Rainy day | - | 2014年2月号 | 20巻 | Rainy day | 特典小冊子より完全コミカライズ |
