背景・裏設定（ネタバレ注意）

ストーリー背景概説

SYSTEM M.U.G.E.N起動。様々な時空から情報を複製し、無数の新たな異世界を創造。
無数の異世界のひとつとして「MUGEN界」誕生。
SYSTEM M.U.G.E.Nによって創造された世界群、突如消滅を開始。
SYSTEM M.U.G.E.N、何者かにより稼動を停止。同時に世界の消滅も沈静化。

「幻想郷が崩壊した世界の八雲紫（以下、JC紫と表記）」、MUGEN界に流れ着く。
洩矢八重（以下、八重と表記）の一体、MUGEN界に逃れるJC紫を追跡。次元の狭間よりMUGEN界に侵入、潜伏。（本作では、八重の発生した世界＝JC紫のいた世界）
JC紫、体内（隙間）にて幻想郷を保護。「幻想回帰」を実行するべく、修復を開始する。（本作では、紫の創った街を夢幻街と呼称）
長き時間の果てにJC紫、幻想郷の修復を完了。具現化した「博麗霊夢」を媒体として幻想回帰を実行。
幻想回帰、八重の暗躍により失敗。MUGEN界は「現実」の側面を色濃く残した「EARTH」と、「幻想」の側面を色濃く残した「MOON」に分離。霊夢の魂、一部欠損。
JC紫、幻想回帰失敗により夢幻街が消失したこと、そして霊夢の魂が失われたことに絶望。さらに能力の大部分を失う。
八重に残っていた善意、幻想回帰失敗の影響を受けて本体より分離（以下、八重（善）と表記）。別の時間軸から来たJC天子と合流。
八重、JC紫に接触。SYSTEM M.U.G.E.Nの力を用いてJC紫の能力を強化することを提案する。
JC紫、境界の操作によってSYSTEM M.U.G.E.Nのプロテクトを一部解除。
JC紫、MOONとEARTHの境界に時の流れの異なる空間を創造し、そこに幻想回帰実行直前の夢幻街を再生開始。また、両世界の成熟を待ち、再度の幻想回帰を画策する。

天界と魔界、MOONとEARTHに共通する概念として発生。両世界に干渉を開始。
MOONとEARTH、幻想回帰失敗以前の情報（MUGEN界としての情報）が消失したまま、独自の世界として発展。
大天使ルシファー、堕天。魔界にたどり着き、魔王の一人サタンとなる。
Final、魔界の混沌より誕生。
Final、独自の行動理念に基づき「終焉の闇」を阻止すべく行動開始。そのために必要な力として「王の心臓」を奪取。

JC紫、夢幻街の再生を完了。

ネスツ、EARTHにて発足。
ネスツ、イグニスの戦死により崩壊。
イグニスの予備ボディの一体（以下、アルターイグニスと表記）、起動。
アルターイグニス、自らを最強の存在へと昇華させるべく行動開始。プロジェクトK、プロジェクトJなど各種計画を再始動。

サタン、アルターイグニスに接触。これを扇動し、天界へ侵攻させることを企む。
Final、更なる混沌の力を王の心臓に蓄えるべく、MOONへの侵攻を計画。
ドラケット、MOONと魔界の統一を目論み、サタン、Finalに魔王連合の結成を提案。
魔王連合、それぞれの目論見の元にMOONへ侵攻開始。
アルターイグニス、サタンから得た知識によってMOONへのゲート発生に成功。魔力などのMOON側の力を取り入れるため、暗躍開始。

八重、Finalの目的を察知し、警戒を強める。
JC紫、アルターイグニスのMOON侵攻などから両世界の成熟を判断。八重の進言もあり、幻想回帰の再実行を決断。欠損した霊夢の魂の代用として、SYSTEM M.U.G.E.Nを通じて異世界の霊夢を召還することを画策。
この操作の余波によりMOONとEARTHおよび、かつてのMUGEN界に連なる異世界に歪みが発生する。（ゲートの発生や、シングラー等の登場はこのため）
しかし、JC天子と八重（善）の妨害により、JC紫の世界の霊夢の代用となるほどに近しい存在を召還することは出来なかった。結果として召還されたのがBS霊夢（第0話）。

サキエル、女神の力を回収するべくEARTHへ。
同時に、アルターイグニスをサタンの眷属として認識。敵対行動開始。Kシリーズもまた同質の存在として認識したため、陣営を問わずに削除対象に。

浪清、バイトの面接に通る。
ククル、Naoの襲撃を受けるも奇跡的に生存。仲間と記憶を失う。

「スーパーMUGEN大戦 ORIGINAL GENERATION」本編、開始。

こんな感じ。「SYSTEM M.U.G.E.Nは誰が何のために創ったのか？」とか「終焉の闇って結局何よ」とかって疑問は今後のシリーズで明かされていく……はず。

（シナリオ担当・TKN氏のブログより転載）

設定Q＆A

Q.幻想回帰するなら、MOONだけ使えばいいんでね？EARTHの要素必要なくね？
A.「幻想」という事象が「幻想」として認識されて成り立つためには、対になる「現実」が必要不可欠とか何かそんな感じ。

Q.知られざる研究所の責任者って、今回は登場していないけど原作ではクローンイグニスですよね？本作ではアルターイグニスが責任者だったみたいな話になってしまってますけど…。
A.ズバリ、本作のメンバー（の大半？）は事実を誤認しています。この情報を提供したのは我らが社長ことモーゼス・マディガン氏ですが、彼には何か思惑があるのかも？まぁ、あれです。今後のシリーズ展開に向けての伏線というヤツです。回収する機会がある…といいなぁ。

Q.結局サタンは何がしたかったのか。
A.本作中では、彼が堕天したそもそもの原因は「ディオスが天使よりも人間を愛しているのではないか」という疑問を抱いたことにあります。彼としてはディオスに人を愛することは間違いだということを知らしめたいのですが、それを証明するには、人間自身の手で神に弓を引かせるのが一番だろうと考えています。イグニスを扇動し、協力したのはこのためです。歪んだツンデレみたいなものですね（苦）。魔王連合に属していたのは単に他の勢力の力も使えれば都合が良いというだけの理由で、地上の支配にはこれっぽっちも興味はありません。

（同ブログ、コメント欄より転載）