| ■上場■ | 3社 |
| ＜2003年３月11日＞ | |
| 株式会社あしぎんフィナンシャルグループ | （2004年１月26日廃止＝会社更生法適用申請） |
| ＜2003年３月12日＞ | |
| 株式会社みずほフィナンシャルグループ | |
| ＜2003年３月24日＞ | |
| 京阪神不動産株式会社 | |
| ■２部から所属変更（※はマザーズから）■ | 23社 |
| ＜2003年３月３日＞ | |
| 福神株式会社 | （2003年９月22日廃止＝アルフレッサホールディングスに株式移転） |
| コンビ株式会社 | （2011年３月16日廃止＝パインホールディングス株式会社が全部取得） |
| 株式会社サンマルク | （2005年12月27日廃止＝株式会社サンマルクホールディングスと株式交換） |
| 株式会社タチエス | |
| ダイニチ工業株式会社 | |
| 株式会社ナナオ | |
| 株式会社ハマキョウレックス | |
| 株式会社バンプレスト | （2006年５月15日廃止＝株式会社バンダイナムコホールディングスと株式交換） |
| ビーピー・カストロール株式会社 | |
| 株式会社マンダム | |
| 株式会社ユナイテッドアローズ | |
| ユニダックス株式会社 | （2010年９月28日廃止＝アヴネット・イーエム・ホールディングス・ジャパン合同会社が全部取得） |
| スルガ株式会社 | |
| 荒川化学工業株式会社 | |
| ジャパン建材株式会社 | |
| エヌイーシーモバイリング株式会社 | （2013年９月17日廃止＝ＭＸホールディングス株式会社が全部取得） |
| ＳＰＫ株式会社 | |
| 大成ラミック株式会社 | |
| 株式会社幸楽苑 | |
| 日神不動産株式会社 | |
| 日本綜合地所株式会社 | （2009年３月６日廃止＝会社更生法適用申請） |
| 沢井製薬株式会社 | |
| ＜2003年３月14日＞ | |
| カルチュア・コンビニエンス・クラブ株式会社※ | （2011年７月22日廃止＝株式会社ＭＭホールディングス及び増田宗昭氏が全部取得） |
| ■２部に指定替え■ | 0社 |
| ■上場廃止■ | 11社 |
| 2003年３月５日 | 株式会社足利銀行＝＜移転・株式会社あしぎんフィナンシャルグループ＝倒産＞ |
| 2003年３月６日 | 株式会社みずほホールディングス＝＜交換・株式会社みずほフィナンシャルグループへ＞ |
| 2003年３月21日 | 神戸生絲株式会社＝＜倒産＞ |
| 2003年３月26日 | 吉原製油株式会社＝＜交換・豊年味の素製油株式会社へ＞ |
| 2003年３月26日 | 日本飛行機株式会社＝＜交換・川崎重工業株式会社へ＞ |
| 2003年３月26日 | 明電エンジニアリング株式会社＝＜合併・株式会社明電舎へ＞ |
| 2003年３月26日 | 住友建設株式会社＝＜合併・三井建設株式会社へ＞ |
| 2003年３月26日 | 株式会社スクウェア＝＜合併・株式会社エニックスへ＞ |
| 2003年３月26日 | ニチメン株式会社＝＜移転・ニチメン・日商岩井ホールディングス株式会社へ＞ |
| 2003年３月26日 | 日商岩井株式会社＝＜移転・ニチメン・日商岩井ホールディングス株式会社へ＞ |
| 2003年３月26日 | さくらフレンド証券株式会社＝＜合併・明光ナショナル証券株式会社＝移転・株式会社三井住友フィナンシャルグループへ＞ |
| ■■2003年３月末上場企業■■ | 1516社 |
