ファイルパスがデフォルトの状態を想定している模様で、
インストール時のパスが違う場合は適用できません。
対処方法
32bit時:「C:\Program Files\D4Enterprise\EGPS0002」
64bit時:「C:\Program Files (x86)\D4Enterprise\EGPS0002」
以上のパスにインストールフォルダの中身を一旦コピーする
(Program Filesフォルダ内に「D4Enterprise」フォルダを作って、元の「EGPS0002」フォルダをそのままコピー)
パッチを適用し、成功したら「EGPS0002」フォルダの中身を元のインストールフォルダの方に上書きすればOK