| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| Capcom Logo | |||
| Opening | |||
| Title | |||
| Pass Word | |||
| Opening Stage | イレギュラーハンター本部 | 一面96位 1990年代241位 | |
| Zero | SFC240位 | ||
| Stage Select | |||
| Stage Start | |||
| Explose Horneck Stage | 兵器工場 | ||
| Frozen Buffalio Stage | 氷の町 | 冬・雪・氷119位 | |
| Gravity Beetbood Stage | 空中空母 | 第5回916位 第6回795位 第7回933位 第15回979位 第16回857位 SFC105位 横スクロール25位 | |
| Acid Seaforce Stage | 巨大ダム | SFC232位 | |
| Electro Namazuros Stage | 電力管理センター | ||
| Scissors Shrimper Stage | 造船所 | ||
| Screw Masaider Stage | 採石所 | ||
| Shining Tigerd Stage | サファリパークステージ | ||
| Vava Stage | VAVAステージ | ||
| Boss 1 | |||
| Boss 2 | ボス戦 | ||
| Stage Clear | |||
| Get a Weapon | |||
| Laboratory | |||
| Stage Select 2 | |||
| Doppler Stage 1 | ドップラーステージ1 ドップラーステージ2 |
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| Doppler Stage 2 | ドップラーステージ3 | ||
| Doppler Stage Boss | Dr.ドップラー戦 | ||
| Sigma 1st | ドッペルシグマ戦 | ||
| Sigma 2nd | カイザーシグマ戦 | ||
| Doppler Demo | Dr.ドップラー中間デモ ドップラーステージ4 |
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| Dr.Right | |||
| Ending | |||
| Cast Roll | |||
| ONE MORE TIME | 作：羽場仁志 編：富田素弘 |
オープニングテーマ(PS・SS) 歌：渋谷琴乃 |
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| I'm Believer | su'zuki | エンディングテーマ(PS・SS) 歌：渋谷琴乃 |
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| Mega Man X3 Opening Theme | 友澤眞 | 海外版オープニングテーマ(PS・SS) | |
| Mega Man X3 Ending Theme | 海外版エンディングテーマ(PS・SS) |
