| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| オープニング | |||
| メインメニュー | |||
| キャラクターセレクト | |||
| ミッション選択 | |||
| ミッション・壱 | ミッション前後の会話BGM ミッション1・8など |
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| ミッション・弐 | ミッション前後の会話BGM ミッション2・3など |
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| ミッション・参 | ミッション前後の会話BGM ミッション14・16など |
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| ミッション・四 | ミッション前後の会話BGM ミッション7・20など |
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| ミッション・伍 | ミッション前後の会話BGM ミッション17・18など |
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| ミッション・六 | ミッション前後の会話BGM ミッション16・21など |
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| ミッション エンディング | ミッション24クリア | ||
| 忍宝堂 | |||
| エンディング | 「1人であそぶ」クリア後などに流れるスタッフロール | ||
| 木の葉の湯 | 本作のステージBGM | ||
| 砂隠れの里 | 佐宗綾子 | ||
| 樹界降誕 | |||
| 短冊城 | 佐宗綾子 | 和風258位 夜216位 第2回掘り出し27位 | |
| 九尾の間 | |||
| 三竦み | 和風244位 | ||
| 蝦墓の間・壱 | 前々作のステージBGM | ||
| アカデミー 屋上・晴 | |||
| ラーメン一楽・夜 | 佐宗綾子 | ||
| 木の葉の里 門・昼 | |||
| アカデミー 校庭・夕 | |||
| 死の森・夜 | |||
| ナルト大橋・晴 | |||
| ナルト大橋・霧 | |||
| 蝦墓の間・弐 | 前作のステージBGM | ||
| アカデミー 屋上・雨 | |||
| ラーメン一楽・夕 | 佐宗綾子 | ||
| 木の葉の里 門・夜 | |||
| アカデミー 校庭・昼 | 佐宗綾子 | ||
| 死の森・朝 | |||
| 中忍試験 予選会場 | |||
| 中忍試験 本選会場・壱 | |||
| 中忍試験 本選会場・弐 |
