| 曲名 | 補足 | 順位 |
| THEME OF ROCKMAN EXE3 | タイトルテーマ | |
| WWWのテーマ | ||
| ホームタウン | 秋原町 | |
| 命の木 | 海岸病院 | |
| よかよか村 | よかよか村 | |
| 潮風の街 | ビーチタウン | |
| 科学最前線 | 科学省 | |
| テレビ局 | ||
| N1グランプリ! | ||
| 地獄島 | ジゴク島 | |
| ワイリー研究所 | WWW本拠地 | |
| あやしいムード? | 終盤現実世界 | |
| 事件発生! | ||
| 涙をふいて | ||
| 勇気の証 | ||
| トランスミッション! | ||
| BLIND MODE | 校長のノートPCの電脳 | |
| MAZE OF WILDNESS | 動物園の電脳 | |
| SAVE A LIFE | 病院の電脳 | |
| FINAL TRANSMISSION | WWWの電脳、プロト | 第2回177位 第3回568位 第9回735位 第10回364位 第11回606位 第14回270位 第15回349位 第16回142位 第17回544位 第18回343位 GBA6位 ダンジョン441位 2000年～2007年23位 |
| NETWORK IS SPREADING | インターネット、電脳 | |
| DANGEROUS BLACK | ウラインターネット | |
| SHINE IN THE DARK | シークレットエリア | ダンジョン449位 |
| シューティングエネミー | ウイルス戦 | GBA89位 通常戦闘曲93位 |
| ボスバトル! | ボス戦 | GBA175位 |
| VS.プロト | プロト戦 | ラストバトル160位 第2回ラストバトル391位 GBA134位 |
| グレイトバトラーズ | N1GP戦、ウラランカー戦 | 第6回420位 第7回485位 第15回461位 第18回953位 GBA56位 RPGバトル252位 第2回掘り出し162位 |
| 対決! | ボス戦前 | |
| ナビカスタマイザー | ナビカスタマイザー | |
| farewell | スタッフロール |
