| 曲名 | 作曲・編曲者 | 補足 | 本家での使用 | 順位 |
| 新たなる門出 ～CROSS WAVE | 杉浦勇紀 | タイトル画面曲 | 闇靄払う銀翼：前半MAP 神穹を衝く聖歌：会話イベント「契約」 セイレーン作戦：「ブリーフィング」 |
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| 愛しき笑顔と | 金子憲次 | 会話イベント曲 | 交錯する新たな波：会話イベント「最終演習するが」、ほか | |
| ある日の愉快な喧噪 | 会話イベント曲 | |||
| 胎動する悪意 | 会話イベント曲、ミニサウンドトラック未収録 | 凍絶の北海：後半MAP 神穹を衝く聖歌：会話イベント「もう一つの計画」、ほか |
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| 全てを賭けた一撃 | 翳りし満ちる影の華：高雄(META)戦 極夜照らす幻光：後半MAP、ほか |
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| 鮮やかな権謀術数 | 会話イベント曲 | 駆けよ碧海の吹き風：会話イベント「鉄血からの招待状」 | ||
| 疾走する想い | 会話イベント曲 | |||
| 百花繚乱の煌き | 会話イベント曲 | |||
| 作戦を遂行せよ | MAP曲 | 交錯する新たな波：メニュー曲 駆けよ碧海の吹き風：前半MAP道中、会話イベント「竜宮城」、ほか |
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| 勇気と共に駆ける | MAP曲 | |||
| 叫べ！血潮よ怒涛の如く | MAP曲、ミニサウンドトラック未収録 | |||
| あなたとの誓いを永久に | ケッコン、ミニサウンドトラック未収録 | |||
| テンプラ・プラチナム | ミニサウンドトラック未収録 | |||
| Perfect Purple | 石村睦 | 『ネプテューヌU』より | ||
| 桜が舞う水面 ～NEWBIE | 杉浦勇紀 | オープニング曲 | 翳りし満ちる影の華：前半MAP 母港大食い競争（夕立改造ミニゲーム） |
2019年325位 |
| 超・弩・級 ～HEROINES | バトル曲、PV曲 | 虚畳なりし限象：翔鶴＆瑞鶴戦 |
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| 響け撃音、轟かせ雷光 ～SAKURA EMPIRE | 重桜のテーマ | 交錯する新たな波：駿河戦、ほか | 2019年208位 | |
| 我らの栄光に集え ～ROYAL NAVY | ロイヤルのテーマ | 極夜照らす幻光：各難易度のステージ2〜3 戦え！ロイヤルメイド隊3rdほか |
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| 輝ける大海を征く翼 ～EAGLEUNION | ユニオンのテーマ | 闇靄払う銀翼：会話イベント「全力出撃」 | ||
| 鋼鉄の裁き ～METALBLOOD | 鉄血のテーマ | 翳りし満ちる影の華：後半MAP 極夜照らす幻光：オミッター戦、ほか |
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| 血塗られた輪廻の果てに ～SEIREN | セイレーンのテーマ | 虚畳なりし限象：コンパイラー戦 | 第15回845位 | |
| 英雄集結 ～ARRIVAL | ミニサウンドトラック未収録 | 6-4ボス戦（アレンジ元） | ||
| 自由の暁 | 玉木千尋 | 作詞：玉木千尋 歌：島風（早見沙織） 主題歌 ミニサウンドトラック未収録 |
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| 海へ捧げるレミニセンス | 金子憲次 | 作詞：村瀬一路 歌：駿河（遠藤綾） エンディングテーマ |
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| 希望満ちる海（※碧藍の風 ） | Manjuu | ミニサウンドトラック未収録 | 汎用ステージ曲 | |
| 背水の戦い（※激戦 ） | 汎用ボス戦曲 | |||
| 運命の5分間（※決意 ） | 3-4ボス戦曲 | |||
| 流星の道標 | 杉浦勇紀 | DLC用、ミニサウンドトラック未収録 | ||
| 永遠に儚き夢 | ||||
| 漆黒に溶けゆく激情 | ||||
| 可憐な"Le Fantasque" | ||||
| 抱かれし優雅 | ||||
| 紺碧のリンクライブラリ | 不明 | DLC用、ミニサウンドトラックとサウンドトラック未収録 | ||
| デジタル・アポカリプス |
