| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| I SHI KU RE | 水上浩介 | オープニングテーマ 歌：Celeina Ann |
第14回424位 第2回オープニング205位 |
| バディ・ミッション | タイトル画面 | ||
| テイク・オフ | ストーリーセレクト画面 | ||
| 捜査 ～エリントン～ | エリントン捜査時 | ||
| 捜査 ～飛行船～ | 飛行船捜査時 | ||
| 捜査 ～ブロッサム～ | ブロッサム捜査時 | ||
| 捜査 ～マイカ～ | マイカ捜査時 | ||
| 捜査 ～ミカグラ～ | ミカグラ捜査時 | ||
| 潜入 ～闇夜にまぎれて～ | エリントン潜入時 | ||
| 潜入 ～上空を駆ける～ | 飛行船潜入時 | ||
| 潜入 ～流星のように～ | アッカルド劇場潜入時 | ||
| 潜入 ～月影を掠めて～ | マイカ城潜入時 | 2021年127位 | |
| 潜入 ～すべてを賭けて～ | 闇カジノなど潜入時 | ||
| 潜入 ～石塊たち～ | 海底ミュージアム潜入時 | 第14回731位 2021年133位 | |
| 死闘の先に | 中ボス戦 | ||
| ルークのテーマ | |||
| アーロンのテーマ | |||
| モクマのテーマ | |||
| チェズレイのテーマ | |||
| ヒーローのバラード | |||
| ミカグラン・ドリーム | ミカグラ街 | ||
| 紅き葉に寄せて | |||
| 天より降りし | |||
| フレッシュ&ジューシー | |||
| コーヒーにミルク | |||
| 気抜けのソーダ | |||
| ボンボンボンド | |||
| 思い出のコート | |||
| 黄昏の砂浜 | |||
| アミューズメント・ストリート | |||
| 魅惑のテナーサックス | |||
| 忘れられた石塊 | |||
| 引き金に指 | 緊迫場面時 | ||
| 捨て札は呪う | |||
| 破滅のコード | |||
| デュアル・エンジン | 対決シーン | ||
| やってやるぜ！ | |||
| 追跡 | |||
| さまよう双星 | |||
| 運命の輪郭 | マイカ城突入前時など | 第14回954位 2021年138位 第3回任天堂220位 | |
| ミカグラ節 | |||
| マダム・ポテトフライのアリア | オペラハウス | ||
| 変身超忍ニンジャジャン | ニンジャジャンのテーマ | ||
| 巫女の歌 | |||
| Meteorite | エンディングテーマ 歌：Celeina Ann |
2021年322位 |
