スネーク
| 方向キー | ズーム倍率変更(スコープ使用時) ムービー時画面拡大 |
| △ | △ボタン表示時：特殊アクション 武器構え時：主観カメラ |
| ○ | リロード(弾の装填) |
| × | 短く押す：中腰 長く押す：ホフク 走っている時：ローリング |
| □ | AUTO AIM(自動照準)切り替え |
| START | メニューを開く |
| SELECT | コントローラーの操作説明 |
| 左スティック | 少し倒す：忍び足 大きく倒す：速く走る |
| 右スティック | 通常時：カメラの操作 武器構え時：照準の操作 |
| L1 | 武器を構える(押している間) |
| R1 | 武器構え時：武器攻撃 通常時(長押し)：CQC 通常時(短押し)：打撃攻撃 |
| L2 | 長押し：装備ウィンドウを開く 短押し：装備品のクイックチェンジ |
| R2 | 長押し：武器ウィンドウを開く 短押し：武器のクイックチェンジ |
| コントローラーを振る | 擬態パターンの解除 |
メタルギアMk.Ⅱ
| 方向キー | カメラの高さ変更 | |
| △ | △ボタン表示時：特殊アクション | 壁の近く：壁を叩く |
| トラップの近く：トラップ回収 | ||
| 木箱程度の段差の近く：ジャンプして飛び乗る | ||
| ACT.4配電盤の近く：床に電流を流す | ||
| × | ステルス切り替え | |
| START | メニューを開く | |
| SELECT | コントローラーの操作説明 | |
| 左スティック | 少し倒す：静かに歩く 大きく倒す：速く走る | |
| 右スティック | 通常時：カメラの操作 | |
| L1 | アームを構える(押している間) | |
| R1 | アーム構え時：微弱電流攻撃 | |
| L2 | 長押し：装備ウィンドウを開く 短押し：装備品のクイックチェンジ | |
| R2 | 長押し：武器ウィンドウを開く 短押し：武器のクイックチェンジ | |
| R3 | 客観視点・主観視点切り替え | |
