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Story
アメリカでPSIという超能力が一般に認知されるようになってから約5年。それらの超能力を規制する為の法、PSI規制法が制定されてから約1年。発現する原因も除去方法もまだ解明されておらず、PSIを利用した犯罪が現れるようになってきた頃。それらの犯罪者を取り締まる為の、言わばPSIの対策チームが編成された。
そして、物語はさらにその1年後の20X8年5月ーーアメリカ合衆国司法省が設立したPSI連邦捜査局(Psi-Federal Bureau of Investigation：PFBI)は、日々起こる超能力犯罪者達との戦いを強いられていた。

Season01
自治体警察(NMP)の手に負えないPSIを利用した特殊な事件を捜査する為にアメリカ合衆国司法省が設立したPSI対策組織、PSI連邦捜査局(PFBI)の国家公安部刑事課に配属された元PSI犯罪者であり変人のシェーロ・ローレンスと、NMPの刑事出身で叩き上げのグレファ・ラッセルの2人が所属する刑事課二係が、常人にはない特殊能力(PSI)を持った犯人と対決する姿を描く。

Season02
シェーロ・ローレンスとグレファ・ラッセルという二係の中心核を失くした二係は、休職から復帰したキファ・ナイトレイと三係のジェーン・マッケンジー、ルーランド支部から移動されたワケありの捜査官シーロ・ホスマンを迎え、未だ絶えることのないPSIによる凶悪事件の解決と、シェーロとグレファの残した情報を元に真相解明へと挑む姿が描かれる。

Season03
PFBI監督特別捜査官(SSA)へと昇進したグレファ・ラッセルと捜査官キファ・ナイトレイ率いる二係にスコールランド支部からやってきた特別捜査官、ヴィンセント・テイラーを加え、次々に発見される新種のPSIによる凶悪犯罪の数々を解決していく姿が描かれる。

Season04
キファの要請により、犯罪心理学専攻の学者、テレンス・バーナードを尋問官に迎えた二係。そして、スコールランド支部からやってきた特別捜査官コンビのグレファ・ラッセルとヴィンセントテイラーが連続誘拐事件を皮切りに、連続して起こる猟奇殺人事件に翻弄されながらも事件解決に向けて戦う姿が描かれる。

Season05
課長に昇格し、二係を抜けたキファの穴埋めとしてやってきたスコールランド支部のハドソン・シュナイダーを現場主任として迎えた二係は、時に非人道的なことをやってのけるハドソンに付くハドソン派と、あくまで正義の上での刑事を貫く派の二つの派閥に分断されてしまう。そのような状態の二係を立て直す役目として、一係からやってきたハリー・アレクサンダーを加え、なお止む事のない凶悪犯罪へと挑む。

：INTERNAL STRIFE
詳細は：INTERNAL STRIFEを参照。
　二つの派閥に別れ、お互いに睨み合う形となってしまった二係であったが、オネットで起こった2つの殺人事件は捜査が進むにつれ、二係の監督官であるハリー・アレクサンダーは、奇妙にもそれらの事件に重なる部分があることに気づく。2つの派閥はお互いに譲ることはない捜査の末に、ゲイリー・ドラッジという犯罪歴のある男の名前が浮かび上がる。
　このストーリーは、他のシリーズとは違い一話完結の形をとらず、前/後編の2partで描かれ、：EAGLEシリーズの区切りとなる重要なストーリーとなる。

Season06
ゲイリーの事件を機に再び団結した二係は、協力体制を取ることになったPIRIからPSIアドバイザーロナルド・ロジャーとレディ・シェルティを迎え、新たなPSI犯罪へと挑んでいく。