UBIの迷走のため二重スパイには二つの異なるゲームがある。
Xbox 360 = PS3 = PC Xbox ≒ PS2
以降360, PS3, PC版＝上海DA、旧Xbox, PS2版＝モントリオールDAと呼ぶ。
UBI開発スタジオ参考URL
Corporate site | Ubisoft
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上海DA(Xbox 360 = PS3 = PC)
UBI上海スタジオ制作。パンドラと同じ開発チーム。総じて評価が悪く、同じく担当したパンドラも”追加パック”と揶揄された。PC版DAに至ってはパッチが出るまでバグでまともに動かず、パッチ以降も重い、不安定など悪評が絶えない。オンライン対戦もまともに遊びたいなら360版を推奨。
上海DAはOPSATや口笛の操作、クイックインベントリの煩雑さなど、これまでと比べるとやや混乱した操作体系になっている。ガジェットの種類が増えた物の、長押しによるインタラクト表示でガジェットの種類をまとめると言った配慮は見られない。
特に大きく変わっているのが光と闇の演出を捨ててしまった所だろう。ステルスゲージは廃止され、代わりにサムの肩についたインジケータ（青、黄、赤）で敵から見えている状態を端的に表示する。
ステージも明るい日中が多くそもそもゴーグルを使うシーンが少ない上、360版のコントラストのデフォルト値は30になっている。この値のままだとゲーム中ゴーグルをほとんど使わずに進める事も出来る。（海外版はブライトネス・コントラスト共に50。日本語版のみの仕様とのこと）
一方で、オンラインモードではブライトネス・コントラスト共に変更する事は出来ないが、どのモニタでも大体画面の表示に問題はないので、そうした調整にかなり時間を割いているらしい。そしてなによりオンラインでは光と闇の演出はこれまでの対戦に無い程効果的に用いられている。動的光源がほとんどなかったパンドラ、カオスの対戦と比べると実に表現豊かなものになっている。（ちなみにオンライン対戦は全シリーズUBIアヌシースタジオが制作）
シリーズ伝統のミッション進行と表現を捨てた代わりにJBA本部での二重スパイミッションや、全編を通して美しい映像を見ることができる。
特に大きく変わっているのが光と闇の演出を捨ててしまった所だろう。ステルスゲージは廃止され、代わりにサムの肩についたインジケータ（青、黄、赤）で敵から見えている状態を端的に表示する。
ステージも明るい日中が多くそもそもゴーグルを使うシーンが少ない上、360版のコントラストのデフォルト値は30になっている。この値のままだとゲーム中ゴーグルをほとんど使わずに進める事も出来る。（海外版はブライトネス・コントラスト共に50。日本語版のみの仕様とのこと）
一方で、オンラインモードではブライトネス・コントラスト共に変更する事は出来ないが、どのモニタでも大体画面の表示に問題はないので、そうした調整にかなり時間を割いているらしい。そしてなによりオンラインでは光と闇の演出はこれまでの対戦に無い程効果的に用いられている。動的光源がほとんどなかったパンドラ、カオスの対戦と比べると実に表現豊かなものになっている。（ちなみにオンライン対戦は全シリーズUBIアヌシースタジオが制作）
シリーズ伝統のミッション進行と表現を捨てた代わりにJBA本部での二重スパイミッションや、全編を通して美しい映像を見ることができる。
ミッションクリア後の評価ではカオスセオリーより更に難しくなり、気絶でもマイナススコアがつくようになった。評価条件もより詳細になり、警戒された数や侵入を探知された数だけでなく、ハッキング回数や壊した電灯等も表示されるようになった。
しかし、明るいステージが多くなったため発見される機会が非常に多くなった事、敵の配置や侵入ルートが完全なステルスクリアに適した物になっているようには見えない事もあり、カオスセオリーと比べるとステルススコア100%でのクリアは難易度ノーマルでもかなり難しくなっている。
ステルススコア100%を達成しても実績やボーナス要素はつかないので、無理に狙うよりも楽しむ要素程度に考えた方が精神衛生上健全。ゲームを極めたい人向けのもの。
しかし、明るいステージが多くなったため発見される機会が非常に多くなった事、敵の配置や侵入ルートが完全なステルスクリアに適した物になっているようには見えない事もあり、カオスセオリーと比べるとステルススコア100%でのクリアは難易度ノーマルでもかなり難しくなっている。
ステルススコア100%を達成しても実績やボーナス要素はつかないので、無理に狙うよりも楽しむ要素程度に考えた方が精神衛生上健全。ゲームを極めたい人向けのもの。
上海DAは意欲的な作品ではあるが、あまり評価は得られなかった。
モントリオールDA(Xbox ≒ PS2)
UBIモントリオールスタジオ制作。旧作では初代とカオスセオリーを担当。
ゲーム性を大幅転換した上記バージョンと異なり旧XboxとPS2版は従来通りのステルスゲージとDA特有のトラストゲージを合わせた作りになっている。ストーリーもやや異なり、特にエンリカとの絡みは全く異なった演出になっていて、サムの心境の変化をきっちりと感じられる作りになっている。ただし、旧Xbox版は日本語版未発売。
PS2版はこれまでのシリーズ同様マップなどがやや縮小されているなど違いがある。
ゲーム性を大幅転換した上記バージョンと異なり旧XboxとPS2版は従来通りのステルスゲージとDA特有のトラストゲージを合わせた作りになっている。ストーリーもやや異なり、特にエンリカとの絡みは全く異なった演出になっていて、サムの心境の変化をきっちりと感じられる作りになっている。ただし、旧Xbox版は日本語版未発売。
PS2版はこれまでのシリーズ同様マップなどがやや縮小されているなど違いがある。
これまでPS2版もストーリーは同じでマップなどがダウングレードされている以外違いは無かったが、DAになって何故こうなったかは定かではない。
モントリオールDAは操作やゲーム進行などカオスセオリーに準ずる。クイックインベントリとOPSATの表示、黒ボタン（RB）長押しによる口笛（とCoopアクション）など、カオスセオリーで不意に口笛を吹いてしまう部分に修正を加えてより操作しやすい。
シリーズ伝統のステルスゲージを備え、それに加えDA独自のトラストゲージを備える。光と闇の演出方法やゲーム性の組み込み方などあらゆる面に置いてシリーズの最終形態と言うべき仕上がり。
ストーリーの演出もサムが事故で失った娘の影をエンリカに対して重ねる所など納得のいくストーリー展開になっている。
シリーズ伝統のステルスゲージを備え、それに加えDA独自のトラストゲージを備える。光と闇の演出方法やゲーム性の組み込み方などあらゆる面に置いてシリーズの最終形態と言うべき仕上がり。
ストーリーの演出もサムが事故で失った娘の影をエンリカに対して重ねる所など納得のいくストーリー展開になっている。
ミッションクリア後の評価では上海版と異なり、プライマリオブジェクトとセカンダリオブジェクトの成功の可否と選択の結果によるトラストゲージの増減のみが表示され、カオス、上海DAの様なステルススコアは表示されない。
また、上海版にはなかったカオスセオリーと同じストーリーCoopを搭載し、Live、システムリンクに加え分割画面にも対応。
対戦モードは上海DAと同じく、これまでの対戦とは方向性を大きく変化させている。
Xbox版カオスセオリーは対戦部分のみの対応だったD4表示は、Xbox版DAでは全編対応している。解像度自体は変わらないが、縦横比がきちんと表示され、文字が非常にくっきり表示される。
対戦モードは上海DAと同じく、これまでの対戦とは方向性を大きく変化させている。
Xbox版カオスセオリーは対戦部分のみの対応だったD4表示は、Xbox版DAでは全編対応している。解像度自体は変わらないが、縦横比がきちんと表示され、文字が非常にくっきり表示される。
しかしこのモントリオール版DAはXbox版、PS2版共にほとんど話題にはならなかった。
