この世界では一般市民に平和を実感させるため、企業による欺瞞じみたショー、サーカスとしての代理戦争が繰り広げられている。
プレイヤーはロストック社の精鋭、クーガ隊に所属する新人パイロット、コールサイン「リンクス」として葉離友(ハリユ)基地に着任し、ラウテルン社と戦う。
この部隊は萱場（カヤバ）司令が指揮を執り、エースパイロットの山先六鹿（ヤマサキ・ムツガ）「クーガ」が隊長を務めている。列機を失わずに帰還することを信念とする責任感ある隊長。
初任務となった瑠佗海（ルダカイ）の普知島（ウトウ）での電探機迎撃で、これを最適の健闘により卒なくこなし、リンクスは僚機の戒田正躬（カイダ・マサミ）「クロスボウ」、アオザサ「ジャックポット」、バン「キャスリング」から隊の一員として認められる。
宇廻間（ウバサマ）市上空の会戦にて部隊は新たに加入する実戦未経験のメンバー5名を迎え入れることになるが… 降り立った彼らの容姿はあまりに若く、子供そのもので、整備士や戒田たちは衝撃を隠せない。
そのうえ、人が死ぬ空戦のさなかに飛ぶことの楽しさに目覚める天真爛漫な僕っ娘の織科真海（オリシナ・マウミ）「カイリ」や、徹底した合理主義者で弱者を切り捨てる鵜久森洸（ウクモリ・コウ）「スプライト」、ウクモリの腰巾着なイシトビ「スカルヘッド」など、みな常人離れした感性、サイコパス気質の持ち主揃い。
切岐(キリキ)工業プラント奪取のための対地作戦にて高射砲の弾幕に見舞われ、隊はバンのほか新人メンバーのロクロウ、ハガミを失う。
しかし、まもなく着任した交代要員ワタリとヒロト「ブレイクショット」はロクロウ、ハガミの容姿と性格、癖が不気味なほどそっくり瓜二つだった…
彼らの配属は陰険な男、特別な社内プロジェクトを進める次席情報部長の物集遠近（モズメ・トホチカ）の采配であった。
「キルドレ」と呼ばれるそれは、人工的なクローン人間。自我があり、生殖も可能だが思春期以上に成長せず、老化せず、寿命がなく、殺されない限りは不死身とも噂される彼らはその最初期のモデルだった。
椰浦(ヤウラ)での大規模空戦の後で、ヤマサキ隊長はオリシナとウクモリにお前たちの正体がキルドレであるかを問う。しかし直後に増援してきたラウテルン社のチューリップに奇襲を受け被弾、古城に墜落し無情な戦死を遂げた…
モズメの人事刷新により、左遷された萱場に代わりウシオが司令に着任し、リンクスが隊長として昇格する。
浪張（ナバル）ではプッシャ方式の新型機、散香（サンカ）のデータ収集目的に実施された本気の模擬戦を通じてオリシナはチータの飛行技量に魅了され、嫉妬心を深めていく。
芭瑠珂（バルカ）山脈での泉流（センリュウ）に乗った写真偵察任務が危うく失敗に終わりかけた編隊列機を無事守り抜き、瑠佗海でグレイシャー艦隊を撃滅したり、椰浦（ヤウラ）川に不時着した飛行艇の救出支援、発見された協定違反の水力発電所を破壊したりするなど数々の作戦を経て、リンクス改めコールサイン「チータ」は大いに実力を示していく。一方でスランプに陥って意気消沈するオリシナ、冷淡なウクモリと熱血なカイダの不和で部隊内の雰囲気が悪化していく。
かねてより戦略目標としていた淑気帽山（シキボサン）要塞を破壊する作戦が行われる。しかし、モズメの情報では稼働していないとされていたラウテルンのレールキャノンが火を吹き、作戦は成功したものの惨憺たる結果に終わった。
死んだアオザサ、ダイバを見下し愚弄するウクモリに、ついに堪忍袋の緒が切れたカイダが反逆し襲い掛かる。チータはモズメに促され、隊長として馬謖を斬る思いでカイダを粛清した…
チータとの戦いを望み、チータを越えようと執着する内心を見透かされたオリシナはモズメの誘いに乗ってロストックを離反し、やがてラウテルンのエースとして頭角を表すようになる。
途渇（トカツ）での敵拠点攻撃作戦からニーヤ「パスカル」が新たに隊に加わり、気付けばクーガ隊時代の同僚はみな逝き、チータ隊は隊長以外の全員がキルドレになっている。
モズメとウシオはキルドレを引き連れ、ロストックのクローン技術とその実戦データを手土産としてラウテルンに移籍を図ろうと画策。チータ隊は萱場司令から入った緊急命令を受け、離反計画を阻止すべく追撃する。
逸波（イツハ）に乗り、この戦争は一方に優秀なパイロットが片寄ると成立しないと述べるウクモリ、ウクモリに心酔するイシトビ、必死に言い訳するワタリをともに宇廻間にて仕留める。どこまでも感情に淡白なウクモリは己の死にすら達観していた。
モズメが切岐から持ち逃げした鉄壁の飛行戦艦ウルフラムで立ちはだかる。みずからの策に溺れる小悪党などチータの敵ではなかったが、機銃掃射を仕掛けたヒロトが鎧袖一触とばかり砲撃を浴びて爆散する。
ハガミそっくりなヒロトが死んでもすぐにまたヒロトそっくりなフルムラが補充要員に送り込まれ、戦争の消耗品として使い回されるキルドレ。
沓岳天（トガクテン）で開催された両社の決戦にて、現れた散香Mk2。チータとオリシナは全身全霊をかけた一騎打ちを演じる。真剣勝負に水を差されたことに怒り、沓岳天要塞の高射砲塔を排除して仕切り直す。互いに持てる空戦技量のすべてを尽くした死闘の末に、敗れてなお感無量のオリシナは感謝と再戦の願いとともに、満足気に夏洲（カラス）湾に散っていった。
そして、葉離友には新人の女パイロットが着任する。その面影は…
チータ＝後のティーチャであり、オリシナの次のクローン＝草薙水素（クサナギ・スイト）
