高性能演算サーバ（スーパーコンピュータ）

[2013/9/27 追記]---
2013年度より，認証制度が変わり，鍵が情報基盤センターのものしか使えなくなった？

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　九州大学情報基盤研究開発センターにある高性能演算サーバシステム FUJITSU PRIMERGY CX400 を学生は教員のIDで使用することができる．OpenMPやMPIなどの並列計算が可能なプログラムに計算速度の向上が期待できる．操作はLinux環境なのでLinux利用スキルが必須．

情報基盤センター
http://www2.cc.kyushu-u.ac.jp/

研究用計算機システム
http://www2.cc.kyushu-u.ac.jp/scp/

高性能演算サーバシステム FUJITSU PRIMERGY CX400 の性能
http://www2.cc.kyushu-u.ac.jp/scp/system/general/CX/how_to_use/00_intro.html

• 利用方法

　http://www2.cc.kyushu-u.ac.jp/scp/system/general/CX/how_to_use/ にアクセスをして利用方法に従って必要なアプリケーションをインストールしてください．Windows環境の諸注意は下記参照．

※Windows環境での注意事項

• 利用可能までの手順

1. 高性能演算サーバへの接続

1-(1). 接続元のローカルPC上にて，公開鍵と秘密鍵を作成する．

• Windowsの場合はPuTTY（ごった煮版）がおすすめ．
• 秘密鍵は authorized_keys 秘密鍵は secret.key と名前にして，保存ディレクトリはパスに日本語はNG．

1-(2). 公開鍵を接続先のホストにアップロードする．

• 「.ssh」ファイルが無い場合は作成する必要があり（ディレクトリ内の authorized_keys も同様）．

2. SSHでログイン

• PuTTYの場合，秘密鍵を選択し，開く前にセッションの「セッション一覧」に適当なタイトル(DefaultやHOMEなど)をつけ，「保存」をしておけば次回ログインがセッションを選択するだけでできるようになる．

(1) ファイルの転送方法

• WinSCPの最新版(5.1)は日本語に対応していない(2012/10/06現在)．ホームページの下の方にある古バージョン4.39は対応．

ここまでできればひとまず利用可能になる．

• コンパイル，実行

コンパイルは 3. 実行モジュール作成方法 を参照．
http://www2.cc.kyushu-u.ac.jp/scp/system/general/CX/how_to_use/03-00_top.html

• LISの使用方法

LISのインストールの手順．

1. LISのサイトから最新版をインストール
http://www.ssisc.org/lis/index.ja.html より最新版(lis-<バージョン>.tar.gz)をインストール．

2. WinSCPなどでファイルをアップロード
ディレクトリを適当に作ってその中に入れると良い．

3. アップロードしたディレクトリで以下のモジュールを実行
tar -xvzf lis-<バージョン>.tar.gz
cd lis-<バージョン>
./configure CC=fcc TARGET-fujitsu_pq --prefix=~/<インストールディレクトリ> <オプション>
make
make check
make install

これでLISはインストールはされる．
※<バージョン>はインストールしたLISのファイル名の1.2.116などの数字列
※<インストールディレクトリ>は適当な名前で良い．(makeで使用するので一番上の階層がオススメ)
※<オプション>はlisマニュアル参照(openMP -> --enable-omp, MPI -> --enable-mpi)

※※コンパイル時
コンパイル時は通常の計算機での makefile を書き換える必要がある．

個人用計算機で

• L/usr/local/lib -llis

の部分を

• I ~/<インストールディレクトリ>/include -llis -L ~/<インストールディレクトリ>/lib

と変更する必要がある．

• gnuplotの使用方法

通常のLinux,Cygwinなどで使用する場合と同じように使えるが，ターミナルにおけるオプション，

gnuplot> set terminal <オプション>

はpostscript以外はフォントを指定しなければならない．その場合，

gnuplot> set terminal <オプション> font "/usr/share/fonts/<ttfファイル>"

と指定をして使用する．例えばgifでフォントがゴシックの場合，

set terminal gif font "/usr/share/fonts/ipa-gothic/ipag.ttf"

のように指定をする．<ttfファイル>は

ls /usr/share/fonts/

で確認できる．

• openMPについて

FUJITSUコンパイラfccには自動並列化オプション -Kparallel があるので，openMPの使用メリットがあまり無い？