基本ルールとキャンペーン、パズルモードの内容は同じですが、2機種間には大小含めさまざまな違いがあります。
PSP版
PSP版のみの要素と長所
- タイムアタックモード
- Hatのカスタマイズ
- ゲーム画面の拡大縮小が可能なので長距離射撃やロープでの移動等がやりやすい
- クランの結成
- ブロックリストの作成
- 予め登録しておいたメッセージを組み合わせての簡易チャット
PSP版のみの問題点
（カッコ内はDS版の特徴）
- バックフリップで高所に飛び乗る際に、充分な足場が無いとはね返るように落ちてしまう（よほど垂直に近い角度で無い限りすい付くように着地出来る）
- オンライン戦での切断に対する対処が無く、切断された側のポイントも失われる(1ラウンド先取していればポイントを得られる）
- 1、3、5ラウンド先取で2ラウンド先取の設定が無い（1、2、3ラウンド先取から選択）
- ランキング上位はチートを利用したプレイヤーが独占しているが対策が取られていない
DS版
DS版のみの要素と長所
- 3種類のLaboratoryモード
- タッチペンを使った操作（自作マップの作成等で。試合では使用しません）
- 爆発やワームの吹っ飛びがPSP版よりも大きい
- アルマゲドンやワールドパーティーに近いといわれるロープの挙動
DS版のみの問題点
（カッコ内はPSP版の特徴）
- ランキング戦では使用マップ、スキームともにランダムで選ばれるので、通常の試合進行が不可能な組み合わせになる場合がある
タワー型のマップでB&G、大きく分断されたマップでShopperなど(スキームはホストが設定できる） - フレンドコードを交換した相手でないと自作スキームや自作マップでの対戦はできない
- ブロックリストがないので切断を多用する相手との対戦を回避できない
