| No. | 曲名 | 作・編曲者 | 備考 | 順位 |
| (オープニングムービー) | サウンドテスト不可 | |||
| 1 | タイトル画面 | |||
| 2 | ステージセレクト | |||
| 3 | ステージ解説(MISSION) | |||
| 4 | ステージ解説(SEED) | |||
| 5 | オペレーションルーム(MISSION) | |||
| 6 | オペレーションルーム(SEED) | |||
| 7 | ミッション解説(MISSION) | |||
| 8 | ミッション解説(SEED) | |||
| 9 | 清算画面(MISSION) | NEOより『ステージクリア』 | ||
| 10 | 清算画面(SEED) | |||
| 11 | ギャラリーモード | |||
| 12 | イベント：サスペンス | NEOより『サスペンス』 | ||
| 13 | イベント：隠密 | NEOより『隠密』 | ||
| 14 | イベント：観艦式 | NEOより『観艦式』 | ||
| 15 | イベント：作戦発動前 | NEOより『作戦発動前』 | ||
| 16 | イベント：張り詰める緊張感 | NEOより『張り詰める緊張感』 | ||
| 17 | イベント：コメディー | 戦闘BGM：ハロ NEOより『コメディー』 |
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| 18 | イベント：悲哀 | NEOより『悲哀』 | ||
| 19 | イベント：駆けつけてくれる仲間達 | マップBGM：MISSION・09 NEOより『駆けつけてくれる仲間達』 |
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| 20 | イベント：敵増援部隊 | マップBGM：MISSION・04(敵が防衛地点に接近時) NEOより『増援部隊』 |
||
| 21 | イベント：緊急事態 | マップBGM：MISSION・03(7ターン目以降) NEOより『緊急事態』 |
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| 22 | イベント：阻止限界点 | マップBGM：MISSION・03(9ターン目以降) NEOより『阻止限界点』 |
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| 23 | イベント：過ぎ去った日々 | イベントBGM：SEED | ||
| 24 | ステージBGM01(MISSION) | 浅井真 | マップBGM：MISSION・02 NEOより『ステージMAP用BGM No.1』 |
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| 25 | ステージBGM02(MISSION) | マップBGM：MISSION・06 NEOより『ステージMAP用BGM No.2』 |
||
| 26 | ステージBGM03(MISSION) | マップBGM：MISSION・05 NEOより『ステージMAP用BGM No.3』 |
||
| 27 | ステージBGM04(MISSION) | マップBGM：MISSION・04 NEOより『ステージMAP用BGM No.4』 |
||
| 28 | ステージBGM05(MISSION) | マップBGM：MISSION・10 NEOより『ステージMAP用BGM No.5』 |
||
| 29 | ステージBGM06(MISSION) | マップBGM：MISSION・07 NEOより『ステージMAP用BGM No.6』 |
||
| 30 | ステージBGM07(MISSION) | NEOより『ステージMAP用BGM No.7』 | ||
| 31 | ステージBGM08(MISSION) | マップBGM：MISSION・01 NEOより『ステージMAP用BGM No.8』 |
||
| 32 | ステージBGM09(MISSION) | マップBGM：MISSION・03 NEOより『ステージMAP用BGM No.9』 |
||
| 33 | ステージBGM10(MISSION) | マップBGM：MISSION・08 NEOより『ステージMAP用BGM No.10』 |
||
| 34 | ステージBGM01(SEED) | マップBGM：PHASE・01、07 | ||
| 35 | ステージBGM02(SEED) | マップBGM：PHASE・02、10 | ||
| 36 | ステージBGM03(SEED) | マップBGM：PHASE・03 | ||
| 37 | ステージBGM04(SEED) | マップBGM：PHASE・05 | ||
| 38 | ステージBGM05(SEED) | マップBGM：PHASE・04(4ターン目以降)、13(4ターン目以降) | ||
| 39 | ステージBGM06(SEED) | マップBGM：PHASE・06、09、13 | ||
| 40 | ステージBGM07(SEED) | マップBGM：PHASE・08、14 | ||
| 41 | ステージBGM08(SEED) | マップBGM：PHASE・11 | ||
| 42 | ステージBGM09(SEED) | マップBGM：PHASE・12 | ||
| 43 | ステージBGM10(SEED) | マップBGM：PHASE・15 | ||
| 44 | ステージBGM11(SEED) | マップBGM：PHASE・7(4ターン目以降) | ||
| 45 | 第13独立部隊：赤い彗星 | 作：松山祐士 | 戦闘BGM：地球連邦軍(FG) NEOより『連邦軍 戦闘BGM「赤い彗星」』 |
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| 46 | ジオン：威圧感 | NEOより『ジオン軍 会話用BGM』 | ||
| 47 | ジオン：赤い彗星 | 作：松山祐士 | 戦闘BGM：ジオン公国軍(FG)、ジオン公国軍(08) NEOより『ジオン軍 戦闘BGM「赤い彗星」』 |
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| 48 | 第08MS小隊：攻防戦 | NEOより『08小隊 会話用BGM』 | ||
| 49 | 第08MS小隊：嵐の中で輝いて | 作：夢野真音 | 戦闘BGM：第08MS小隊 | |
| 50 | クリスチーナ・マッケンジー：夢見る少年 | 戦闘BGM：クリスチーナ・マッケンジー | ||
| 51 | サイクロプス隊：奇襲作戦 | 戦闘BGM：サイクロプス隊 NEOより『サイクロプス隊 戦闘BGM』 |
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| 52 | アルビオン隊：THE WINNER | 作：都志見隆 | 戦闘BGM：地球連邦軍(0083) | |
| 53 | デラーズ・フリート：最大加速 | 戦闘BGM：デラーズ・フリート | ||
| 54 | エゥーゴ：旅立ち | NEOより『エゥーゴ 会話用BGM』 | ||
| 55 | エゥーゴ：遭遇戦 | 戦闘BGM：エゥーゴ | ||
| 56 | ティターンズ：台頭 | NEOより『ティターンズ 会話用BGM』 | ||
| 57 | ティターンズ：激戦の果て | 戦闘BGM：ティターンズ | ||
| 58 | ガンダムチーム：ぶっつけ本番 | 戦闘BGM：ガンダムチーム NEOより『ジュドー・アーシタ 戦闘BGM』 |
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| 59 | アクシズ：騎士道精神 | 戦闘BGM：アクシズ、ネオ・ジオン(ZZ) NEOより『アクシズ 戦闘BGM』 |
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| 60 | ロンド・ベル隊：ニュー・ガンダム | 戦闘BGM：ロンド・ベル | ||
| 61 | ネオ・ジオン：迫り来る脅威 | 戦闘BGM：ネオ・ジオン(逆襲のシャア) | ||
| 62 | クロスボーン・バンガード：宇宙海賊 | 戦闘BGM：F91、クロスボーン | ||
| 63 | リガ・ミリティア：朝露 | NEOより『リガ・ミリティア 会話用BGM』 | ||
| 64 | リガ・ミリティア：決死隊 | 戦闘BGM：リガ・ミリティア | ||
| 65 | ザンスカール：黒き手 | NEOより『ザンスカール帝国 会話用BGM』 | ||
| 66 | ザンスカール：夏に春の祭典を | 作：千住明 | 戦闘BGM：ザンスカール帝国 NEOより『ザンスカール帝国 戦闘BGM「夏に春の祭典を」』 |
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| 67 | Gファイター：ストーカー | NEOより『ストーカー』 | ||
| 68 | Gファイター：東方不敗 | NEOより『代表選考』 | ||
| 69 | Gファイター：迷い無き拳 | NEOより『東方不敗(味方) 会話用BGM』 | ||
| 70 | Gファイター：躍動する機体 | マップBGM：MISSION・10(7ターン目以降) NEOより『ガンダムファイト専用 戦闘BGM No.1』 |
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| 71 | Gファイター：歩み寄る悲劇 | マップBGM：MISSION・10(13ターン目以降) NEOより『ガンダムファイト専用 戦闘BGM No.2』 |
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| 72 | Gファイター：激闘の中それぞれの約束 | 作：田中公平 | 戦闘BGM：ガンダムファイター NEOより『ガンダムファイト専用 戦闘BGM No.4「激闘の中 それぞれの約束」』 |
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| 73 | Gファイター：二律背反 | 戦闘BGM(スペシャルアタック)：ガンダムファイター | ||
| 74 | Wチーム：忍び寄る死神 | NEOより『ガンダムチーム 会話用BGM』 | ||
| 75 | Wチーム：RHYTHM EMOTION | 作：高山みなみ | 戦闘BGM：Wチーム、プリベンター | |
| 76 | OZ：揺るぎなき意思 | NEOより『OZ 会話用BGM』 | ||
| 77 | OZ：宿命の対決 | 戦闘BGM：OZ、マリーメイア軍 | ||
| 78 | ホワイトファング：孤高の戦士 | 戦闘BGM：ホワイトファング NEOより『ホワイトファング 戦闘BGM』 |
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| 79 | バルチャー：DREAMS | 作：ジョー・リノイエ | 戦闘BGM：バルチャー | |
| 80 | フロスト兄弟：復讐の刃 | 戦闘BGM：フロスト兄弟 | ||
| 81 | ディアナカウンター：風の舞曲 | 戦闘BGM：∀ | ||
| 82 | 地球連合：苦戦 | 戦闘BGM：地球連合(味方) | ||
| 83 | 地球連合：追撃 | 戦闘BGM：地球連合(敵) | ||
| 84 | ブーステンドマン：悪の3兵器 | 作：佐橋俊彦 | 戦闘BGM：ブーステンドマン | |
| 85 | アークエンジェル隊：進軍 | マップBGM：PHASE・04 | ||
| 86 | アークエンジェル隊：GUNDAM出撃 | 作：佐橋俊彦 | 戦闘BGM：キラ(PHASE・01) | |
| 87 | アークエンジェル隊：STRIKE出撃 | 戦闘BGM：アークエンジェル隊 | ||
| 88 | ザフト：偽りの仮面 | |||
| 89 | ザフト：全軍突撃 | 戦闘BGM：ザフト | ||
| 90 | クルーゼ隊：焦り | 戦闘BGM：クルーゼ隊 | ||
| 91 | バルドフェルド隊：熱砂 | |||
| 92 | バルドフェルド隊：波状攻撃 | 戦闘BGM：バルドフェルド隊 | ||
| 93 | オーブ：消えぬ炎 | 戦闘BGM：オーブ、ジャンク屋、サーペントテール | ||
| 94 | ラクス隊：決意 | |||
| 95 | ラクス隊：一筋の光 | 戦闘BGM：三隻同盟 | ||
| 96 | キラ・ヤマト：SEEDを持つ者 | 戦闘BGM(スペシャルアタック)：キラ・ヤマト、アスラン・ザラ、カガリ・ユラ・アスハ | ||
| 97 | ラクス・クライン：安らぎ | |||
| 98 | ラクス・クライン：星への祈り | 戦闘BGM：ラクス・クライン(前半)、ピンクハロ | ||
| 99 | オリジナルキャラクター：HERO | 戦闘BGM：パメラ・スミス、エリス・クロード、カル・クロサワ、レイチェル・ランサム NEOより『オリジナルキャラクター 戦闘BGM No.1』 |
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| 100 | オリジナルキャラクター：内なる野望 | 戦闘BGM：ニキ・テイラー、シャノン・マシアス、ジュナス・リアム NEOより『オリジナルキャラクター 戦闘BGM No.2』 |
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| 101 | オリジナルキャラクター：熱き血潮 | 戦闘BGM：ケイ・ニムロッド、ラナロウ・シェイド、クレア・ヒースロー、京田四郎、リョウ・ルーツ NEOより『オリジナルキャラクター 戦闘BGM No.3』 |
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| 102 | オリジナルキャラクター：殺意の微笑 | 戦闘BGM：ビリー・ブレイズ、エルンスト・イェーガー、トリッシュ・ベネット NEOより『オリジナルキャラクター 戦闘BGM No.4』 |
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| 103 | オリジナルキャラクター：鋼の魂 | 戦闘BGM：ゼノン・ティーゲル、マーク・ギルダー、ギルバート・タイラー NEOより『オリジナルキャラクター 戦闘BGM No.5』 |
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| 静かな夜に | 佐橋俊彦 | スタッフロール前半 歌：田中理恵 サウンドテスト不可 |
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| (スタッフロールBGM) | スタッフロール後半 サウンドテスト不可 |
*1 『F.I.F』を入れたら第6作目
