しかし、２０００年前後から「α」や「ＣＯＭＰＡＣＴ」などの新シリーズを展開していたため、
初期シリーズと関わり合いを持つ「魔装機神」をそのままの形で両立させるとややこしいと当時は思っていたのです
（昨今ではスピンオフ作品も含め、スパロボとは別のスタイルを持った作品まで同時展開していますけど）。
| 曲名 | 補足 | 順位 |
| 熱風!疾風!サイバスター | マサキのテーマ | |
| 炎の中華体育教師 | ヤンロンのテーマ | |
| 水と沼の国から | テュッティのテーマ | |
| フラッパーガール | リューネのテーマ | |
| 正調ミオのじょんがら節 | ミオのテーマ | SFC185位 和風55位 |
| 終わりなき戦い | 味方汎用戦闘 | SFC277位 |
| ラ・ギアスの風 | タイトルバック | |
| KING OF KINGS | 闘技場（自軍） | |
| 巨大な闇 | vsルオゾール、ラセツ、ルビッカ、ゾラウシャルド | |
| 迫り来る敵 | vsテューディ、ゼツ、ヴォルクルス | |
| プロローグ | プロローグ（あらすじ） | |
| ホーリーエムブレム | 平原（自軍）① | |
| 破壊の足音 | 平原（敵軍）① | |
| 闇に沈む | 砂漠・氷河（敵軍） | |
| シャドウストーカー | 闘技場（敵軍） | |
| 猛々しき行進 | 平原（敵軍）② | |
| 無名の師 | 平原（敵軍）③ | |
| 守護者 | 精霊界（自軍） | |
| 堕ちた神々 | 精霊界（敵軍） | |
| さまよえる魂 | 神殿（敵軍） | |
| 突然の衝撃 | 会話パート | |
| 悪い予感 | 会話パート | |
| 戦闘態勢 | 会話パート | |
| ダークプリズン | シュウのテーマ | |
| 神々の祝福 | 会話パート | |
| 悲しみは消えず | 会話パート | |
| オープニング | タイトル表示前 | |
| ゲームオーバー | ゲームオーバー | |
| サブタイトル | サブタイトル画面 | |
| タイトルロゴ | バンプレストロゴ | |
| インディアンサマー | 会話パート | |
| 春風のプレシア | プレシアのテーマ | |
| インディアンサマーVer2 | 会話パート | |
| エンディング2 | エンディング（自軍キャラダイジェスト） | |
| ありふれた日常 | 会話パート | |
| インターミッション | インターミッション | |
| 力と技の祭典 | 御前試合 | |
| エンディング1 | エンディング | |
| 誇りたかき者達 | 平原（自軍）② | |
| 勇気を胸に | 砂漠・氷河（自軍） | |
| 光の導き | 神殿（自軍） | |
| 君がいるから | 平原（自軍）③ | フィールド215位 |
| サウンドトラック未収録 | ||
| レベルアップだ、うれしいな♬ | レベルアップ時 | |
| カタストロフ | ラングラン崩壊時 | |
| スタッフロール | スタッフロール | |
