| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| タイトルBGM | |||
| サムス登場ジングル | |||
| SR388 メインテーマ | SR388の中心的エリアで流れる | ||
| VS.メトロイド | |||
| メトロイド撃破 | メトロイド撃破ジングル | ||
| SR388 エリアBGM1 | 環境音に近い | ||
| SR388 遺跡 | 遺跡エリア 「Samus Archives」での曲名は「SR388 地底」 |
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| SR388 エリアBGM2 | 環境音に近い | ||
| アイテム取得ジングル | 桃屋の(ry) | ||
| SR388 エリアBGM3 | 環境音に近い | ||
| SR388 エリアBGM4 | 同上 | ||
| ミサイル取得ジングル | |||
| SR388 最深部1 | |||
| SR388 最深部2 | |||
| メトロイド増殖 | |||
| SR388 最深部3 | クイーンメトロイド決戦前 | ||
| VS.クイーンメトロイド | |||
| 脱出 | 時間制限はないのでゆったりした曲調 | ||
| エンディング | 前作同様に、苦労を労うような明るい曲調 |
