| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| オープニング（全滅した科学アカデミー研究所） | 濱野美奈子 | オープニング及びタイトル画面 「Nintendo Music」ではオープニング部分のみの別個収録 |
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| スーパーメトロイドのテーマ | 山本健誌 | プロローグ サントラにアレンジバージョンあり |
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| 惑星ゼーベス クレテリア到着 | |||
| クレテリア 宇宙海賊出現 | サントラにアレンジバージョンあり | ||
| ブリンスタ 植物密生エリア | 「Samus Archives」での曲名は「ブリンスタ 上部」 | マイナーゲーム87位 | |
| ブリンスタ 赤土湿地エリア | 横スクロール65位 | ||
| ノルフェア 灼熱の溶岩エリア | |||
| 宇宙戦士 サムス アランのテーマ | クレテリア地表(雨上がり後)、マザーブレイン戦(イベント後)(*1) サントラにアレンジバージョンあり 「Samus Archives」での曲名は「クレテリア 地表」 |
ラストバトル348位 | |
| 難破船 | 濱野美奈子 | ||
| マリーディア 岩の地下水エリア | |||
| マリーディア 流砂の地下水エリア | |||
| ノルフェア 古代遺跡エリア | 山本健誌 | 横スクロール182位 | |
| 小ボス対決BGM（スポアスポーン，ボツーン） | 濱野美奈子 | 「Nintendo Music」での曲名は「小ボス対決BGM（スポア・スポーン/ボツーン）」 | |
| 大ボス対決BGM（リドリー，ドレイゴン） | 「Nintendo Music」での曲名は「大ボス対決BGM（リドリー/ドレイゴン）」 | ||
| 大ボス対決BGM（クレイド，クロコマイアー，ファントゥーン） | 「Nintendo Music」での曲名は「大ボス対決BGM（クレイド/クロコマイアー/ファントゥーン）」 | ||
| サムス アラン登場ファンファーレ | |||
| アイテム取得ファンファーレ | |||
| サムス アラン最後の叫び | |||
| 謎の彫像部屋 | 山本健誌 | ||
| ツーリアン | 濱野美奈子 | ||
| マザーブレイン | マザーブレイン戦(第2形態) | ||
| 脱出 | |||
| 惑星ゼーベス爆発 | |||
| エンディング | 濱野美奈子 | サントラにアレンジバージョンあり | |
| 「Nintendo Music」収録曲(サウンドトラック未収録曲) | |||
| タイトル | 濱野美奈子 | タイトル画面 サントラの「オープニング（全滅した科学アカデミー研究所）」からタイトル部分のみの別個収録 |
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| 静寂 | アイテムルーム、エレベータールーム | ||
| 緊張 | ボス部屋前 | ||
| 任務完了 | 任務完了ファンファーレ | ||
*1 大乱闘スマッシュブラザーズXでこの曲名のBGMが収録されているが、内容は本作の「エンディング」のアレンジであり、同曲との関係はない。
