| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 |
| オープニング(全滅した科学アカデミー研究所) | 濱野美奈子 | ||
| スーパーメトロイドのテーマ | 山本健誌 | ||
| 惑星ゼーベス クレテリア到着 | |||
| クレテリア 宇宙海賊出現 | |||
| ブリンスタ 植物密生エリア | 「Samus Archives」での曲名は「ブリンスタ 上部」 | マイナーゲーム87位 | |
| ブリンスタ 赤土湿地エリア | 横スクロール65位 | ||
| ノルフェア 灼熱の溶岩エリア | |||
| 宇宙戦士 サムス アランのテーマ | (*1)「Samus Archives」での曲名は「クレテリア 地表」 | ラストバトル348位 | |
| 難破船 | 濱野美奈子 | ||
| マリーディア 岩の地下水エリア | |||
| マリーディア 流砂の地下水エリア | |||
| ノルフェア 古代遺跡エリア | 山本健誌 | 横スクロール182位 | |
| 小ボス対決BGM(スポアスポーン,ボツーン) | 濱野美奈子 | ||
| 大ボス対決BGM(リドリー,ドレイゴン) | |||
| 大ボス対決BGM(クレイド,クロコマイアー,ファントゥーン) | |||
| サムス アラン登場ファンファーレ | |||
| アイテム取得ファンファーレ | |||
| サムス アラン最後の叫び | |||
| 謎の彫像部屋 | 山本健誌 | ||
| ツーリアン | 濱野美奈子 | ||
| マザーブレイン | |||
| 脱出 | |||
| 惑星ゼーベス爆発 | |||
| エンディング | 濱野美奈子 | ||
| サウンドトラック未収録曲(曲名は仮) | |||
| 対決前緊張 | ボス部屋前 | ||
| スペースコロニー | |||
| アイテムルーム | |||
| コンティニュー | ゲームオーバー | ||
| 動く鳥像 | |||
| 任務完了ファンファーレ | |||
*1 大乱闘スマッシュブラザーズXでこの曲名のBGMが収録されているが、内容は本作の「エンディング」のアレンジであり、同曲との関係はない。