| 曲名 | 作・編曲者 | 補足 | 順位 | 
| Spes -Materia Madocae- | まどかのテーマ | ||
| Justitia -Materia Sayakae- | さやかのテーマ | ||
| Fides -Materia Mami- | マミのテーマ | ||
| Prex -Materia Kyokoensis- | 杏子のテーマ | 2012年217位 | |
| Tutela -Materia Homurae- | ほむらのテーマ | 第2回マイナーゲーム342位 | |
| Feliciter | さやかのテーマ | ||
| Incipit in prece | タイトル画面 | 2012年456位 | |
| Vox maternae | |||
| Victoria | |||
| Ubi eam? | |||
| Quod id est? | |||
| Obstans | |||
| Semen doloris | |||
| Inquietam | |||
| Solitudo mea | |||
| Non sola sum | |||
| Para, ite! | |||
| Non fieri possum | |||
| Numquam mitescam | |||
| Cum quoqumque modo | |||
| Forma tumultuosi somnii | |||
| Adhaesus deformis | |||
| Clientes saluant | |||
| Natalis puellae magicae | |||
| Exitus desperationis | |||
| Via ad scholam | |||
| Valetudinarium | |||
| Domus meus | |||
| Hora theae | |||
| Cubiculum coniecturae | |||
| Veni, ven | |||
| Diffidentia floret | |||
| Area infinita | |||
| Dolus vel pedica | |||
| Experimenta ultima | |||
| Area strigae | |||
| Delusio summa | 2012年282位 | ||
| Terror infinitus | |||
| Dolus vel lascivia | |||
| Finit in maledicto | |||
| Finis malus | |||
| Felix vera | |||
| サントラ未収録 | |||
| コネクト | 渡辺翔 | アニメ版オープニングテーマ 歌:ClariS | |
| Magia | 梶浦由記 | アニメ版エンディングテーマ 歌:Kalafina | |
*1 このうち、ほむらは後に『劇場版 魔法少女まどか☆マギカ [新編]叛逆の物語』でも魔女化する。ただし、本ゲームでは「此岸の魔女」なのに対しあちらは『くるみ割りの魔女』となっている。